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ISSN: 2333-9721

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BCTD:一个药物重定位研究用药物靶点数据库
BCTD: A Drug-Target Relation Database for Drug Repositioning
 [PDF]

王克强, 吴宏宇, 李国栋, 黄青山
Hans Journal of Computational Biology (HJCB) , 2015, DOI: 10.12677/HJCB.2015.53005
Abstract:
新药研发具有周期长、成本高、风险大等特点,往往是漫长而艰难的。药物重定位,即发现原有药物的新适应症,可有效缩短周期、降低成本、规避风险,正在成为药物研发的重要策略。近些年药物重定位发展迅速,其中联合药物靶点相互作用信息和组学数据进行药物重定位是一种可行的方法。但是现有的众多药物靶点数据库中的部分药物靶点信息缺乏实验证明,而且大多存在或遗漏或冗余的现象,各库中信息亦采用不同命名规则,难以直接用作药物重定位研究。因此我们综合整理多个数据库内容和大量文献,排除缺乏实验证明的信息,并标准化所得信息,建立了一个全新的在线药物靶点数据库。该数据库现含有766个化合物、746个靶点和2862条药物/化合物和靶点相互作用的信息。该库的建立大大简化了研究人员查询与寻找药物靶点信息的流程,能够为药物重定位提供方向和线索。
Discovering and developing new drug is an arduous, costly and risky process. Drug repositioning, by discovering new indications of old drugs out of their original indications, is a time-saving, cost-efficient and low-risk manner. This made it more and more important in drug discovery and development. It has appeared numerous methods for drug repositioning in recent years. Combining the information of interactions between drugs and targets with omics data is a reasonable and effectively approach of drug repositioning. Dozens of databases including information of drug targets were constructed with varying scopes by different research groups in the past decade. However, it is inconvenient to researchers who need such information because of the lack of coordination in naming rules among these databases and the existed data omissions or redundancies. So we create a new database of drug-target interactions by manually inspecting and standardizing the data collected from these databases and scientific literatures. In the current version, there are 766 drug/compound entries, 746 target entries and 2862 items of drug-target interactions in the database. It will facilitate researchers to get the information of drug targets easily and quickly, providing clues for drug repositioning.

基于网络特征的药物靶蛋白识别
朱明珠,高磊,李霞,刘志成
中国科学 生命科学 , 2008,
Abstract: 蛋白质很少孤立得发挥作用,往往通过网络中彼此互作来共同行使功能.因此分析药物靶蛋白在生物学网络中的性质将十分有助于从信息学角度理解药物的作用机制.但目前尚无研究对药物靶蛋白在人类蛋白质互作网络中的拓扑特性给与具体的分析和描述.本文首先将药物靶蛋白映射到人类蛋白质互作网络中,进而分析了药物作用靶蛋白在互作网络中的5种拓扑指标,并与互作网络中全蛋白质组集合及非药物靶点集合的拓扑指标进行了对比.结果显示,药物靶蛋白之间具有更高的连通性,信息能够得到更快得传递.基于这些拓扑特征,将互作网络中的所有蛋白进行排序.发现排序在前100位的蛋白中有48个是Drugbank中记录的药物靶点,另外的52个蛋白中有9个蛋白已在TTD,Matador等数据库中被记录为药物靶点,还有部分蛋白通过文献检索被证实为药物靶点.
基于网络特征的药物靶蛋白识别
朱明珠,高磊,李霞,刘志成
中国科学 生命科学 , 2008,
Abstract: 蛋白质很少孤立得发挥作用,往往通过网络中彼此互作来共同行使功能.因此分析药物靶蛋白在生物学网络中的性质将十分有助于从信息学角度理解药物的作用机制.但目前尚无研究对药物靶蛋白在人类蛋白质互作网络中的拓扑特性给与具体的分析和描述.本文首先将药物靶蛋白映射到人类蛋白质互作网络中,进而分析了药物作用靶蛋白在互作网络中的5种拓扑指标,并与互作网络中全蛋白质组集合及非药物靶点集合的拓扑指标进行了对比.结果显示,药物靶蛋白之间具有更高的连通性,信息能够得到更快得传递.基于这些拓扑特征,将互作网络中的所有蛋白进行排序.发现排序在前100位的蛋白中有48个是Drugbank中记录的药物靶点,另外的52个蛋白中有9个蛋白已在TTD,Matador等数据库中被记录为药物靶点,还有部分蛋白通过文献检索被证实为药物靶点.
抗肝纤维化药物的研究进展
薛青山,左长京,王 霆
中药新药与临床药理 , 2013,
Abstract: 综述近年来抗肝纤维化药物研究的概况。肝纤维化是持续的慢性损害所致的肝脏细胞外基质(ECM)过度沉积和组织结构重构的病理变化,肝星状细胞(HSCs)的活化为其发生的关键环节。不断阐明的肝纤维化分子机制使抗肝纤维化药物研究有了长足进步。目前,抗肝纤维化药物主要包括肝细胞保护剂、ECM合成降解调节剂、HSCs活化凋亡调节剂、抗炎免疫调节剂。中医药治疗肝纤维化研究也取得了一定的进展。
sirt1在糖尿病肾病防治中的作用
侯碧玉,李莉,张莉,杜冠华
药学学报 , 2014,
Abstract: 随着糖尿病肾病发病率日益升高,寻找治疗糖尿病肾病的新靶点已成为世界范围内的研究热点.sirt1即沉默信息调节因子,为去乙酰化酶家族成员之一,参与细胞衰老、代谢、凋亡等生理和病理过程.近十年研究表明,sirt1可以通过促进高糖环境下肾脏细胞能量稳态重建、调节糖尿病肾病发病过程中的氧化应激状态,抵抗肾脏细胞凋亡,抑制肾脏炎症反应,改善肾脏纤维化等作用,阻止糖尿病肾病发生和发展,成为糖尿病肾病防治潜在的新靶点.
模块分析法:解密复杂疾病和药物作用机制的新策略
陈寅萤,冯丽鹏,李勇,吴萍,王忠,王阶
中国中药杂志 , 2015,
Abstract: 大部分复杂疾病并不是由单个致病基因引起的,药物作用于疾病网络的多个靶点,产生协同效应,从而干预疾病的发生和发展。与作用于单个分子或通路的传统方法不同,高通量数据构建的疾病-药物靶点网络形象地展示了药物、靶点和疾病之间的复杂关系。但此类网络通常极为复杂,为了降低分析的复杂性,必须对大网络进行分解,识别出模块结构。该研究从模块的概念、结构和识别方法、疾病-药物模块识别的重要性及应用4个方面对模块分析法的框架进行了概述。模块分析法以一个全新的视角来解密药物干预复杂疾病的机制,为揭示多组分多靶点药物作用机制提供了新思路和新途径。
Multi-target and multi-component pattern, a superficial understanding of the action mechanism of Traditional Chinese Medicine
多成分多靶点是对中药作用机制的表面认识

Du Guanhu,Wang Yuehu,Zhang Ran,Tan Chubing,He Xiaoli,Hu Juanjuan,Zhang Li,Chen Ruoyun,Qin Hailin,
杜冠华
,王月华,张 冉,谭初兵,贺晓丽,胡娟娟,张 莉,陈若芸,秦海林

世界科学技术-中医药现代化 , 2009,
Abstract: 对中药方剂的作用机制研究,是中药科学发展的必然要求,是促进中药国际化应用的重要基础,应用现代科学理论和技术方法探索中药的作用机制,成为中药研究的重要内容。“多成分多靶点”的作用模式是近年来对中药作用机制的一种认识,对中药的研究发挥了一定的指导作用。本文根据近年来中药作用机制研究的进展和国内外对药物作用机制的研究趋势,认为中药作用机制实际上是两个复杂系统的相互作用,即药物有效成分组成的复杂物质体系和病理条件下药物作用靶点组成的复杂生物体系。正是由于这两个复杂体系的相互作用才达到了药物治疗疾病的目的。因此,本文通过大量资料分析认为,多成分多靶点解释中药的作用机制并不能反映中药的作用特点和机制,尤其不能反映药物多成分的有机组合和病理情况下的多靶点相互关联性的变化。中药的作用是由多种有效成分有机组合的物质组合与多种疾病相关靶点综合影响而相互作用产生的,这两个复杂体系的相互作用,可以用中药有效成分组来描述。
钙结合蛋白S100A9功能的研究进展
尹磊淼,综述,张庆华,王宇,徐玉东,杨永清,审校
复旦学报(医学版) , 2011, DOI: 10.3969/j.issn.16728467.2011.05.014
Abstract: S100A9是钙结合蛋白S100家族的重要成员之一,其功能作用广泛,参与多种生物学过程。本文介绍了S100A9在临床疾病、信号传导通路和药物靶点中相关功能的研究进展,为该蛋白在哮喘、肿瘤等疾病中的进一步应用提供了新的思路。
基于传递闭包方法的非相关文献知识发现探索——以癌药物靶点为例
杨渊,高柳滨
现代图书情报技术 , 2010,
Abstract: ?根据非相关文献知识发现的原理和思想,尝试将离散数学中传递闭包的知识运用到知识发现中,以寻找药物靶点之间的潜在关联为例,证明运用传递闭包的方法进行非相关文献知识发现的合理性和有效性,并将原有的三步知识发现模式发展为多步传递知识发现模式,得到更多的潜在关联,并保证较高的查准率和查全率。
次黄嘌呤脱氢酶的基本功能及作为药物靶点的应用
张友文,张丹,孙华
药学学报 , 2014,
Abstract: 次黄嘌呤脱氢酶(inosine5’-monophosphatedehydrogenase,impdh)是gmp从头合成途径的限速酶,多种疾病会影响其活性与表达。以它为靶点的药物已广泛应用到抗病毒、免疫抑制、抗肿瘤等领域。impdh不仅充当核苷酸代谢酶的角色,它还具有多种其他生物学功能,在疾病及生理过程中发挥着重要作用。本文就impdh的基本功能、催化机制、生物学功能、抑制剂分类及其作为药物靶点的意义和研究进展作一综述,希望为进一步发现impdh的生物学功能与新型抑制剂提供参考。
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