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中国近海9个小黄鱼群体的形态学比较研究
韩真,,高天翔
南方水产科学 , 2012, DOI: 10.3969/j.issn.2095-0780.2012.03.004
Abstract: 对2005年~2010年采自渤海、黄海和东海海域的9个小黄鱼(larimichthyspolyactis)群体共208个个体进行了形态学比较研究,运用主成分分析、判别分析、聚类分析和单因子方差分析等多元统计分析方法对9个小黄鱼地理群体的20个量度特征和8个分节特征进行分析。结果显示,判别分析的综合判别率为73.6%。其中东海(宁波)群体判别率最高(86.4%);黄海sy4群体判别率最低(54.3%)。主成分分析、聚类分析和单因子方差分析结果一致,均显示渤海群体与黄海、东海群体间存在一定程度的分化。
钝吻黄盖鲽野生群体遗传多样性分析
张岩?,,高天翔?
水产学报 , 2008, DOI: 10.3724/SP.J.00001
Abstract: 无
两种黄盖鲽线粒体dna部分片段比较分析
张岩?,,高天翔?,于函?
水产学报 , 2009, DOI: 10.3724/SP.J.00001
Abstract: 比较分析了钝吻黄盖鲽和尖吻黄盖鲽线粒体基因组coi、cytb基因以及d-loop片段总长度为1373bp的核苷酸序列,两种间共检测到107处核苷酸替换,蛋白质编码基因上的核苷酸替代主要是第三密码子位点上的同义替换。核苷酸组成分析结果表明:3个目的片段的鸟嘌呤(g)含量普遍较低,在两个蛋白编码基因第三密码子位点上表现得尤为明显。两种黄盖鲽在线粒体基因组不同片段上存在明显的遗传分化,核苷酸替代速率最快的是d-loop,coi和cytb核苷酸替代速率基本一致。建议在进行黄盖鲽属鱼类分子系统发育研究时,应该针对不同研究目的选择合适的分子标记。基于cytb基因片段序列的分析结果表明:钝吻黄盖鲽和尖吻黄盖鲽两种的分岐时间约为200万年,两种间的分化事件发生在更新世(pleistocene)。
基于能量代谢酶相对活力评价大菱鲆卵质
,马道远,志忠,刘清华,徐世宏,李军
南方水产科学 , 2012, DOI: 10.3969/j.issn.2095-0780.2012.02.003
Abstract: 采用卵径形态比较和能量代谢关键酶生理生化分析方法,对大菱鲆(scophthalmusmaximus)卵质进行了评价。结果显示,大菱鲆受精卵卵径平均值为(1.053±0.020)mm,不同批次的受精卵卵径间无显著差异。双变量相关统计分析结果显示,大菱鲆卵径与悬浮率、受精率和孵化率间相关性皆不显著。基于能量代谢关键酶统计结果显示,大菱鲆受精卵孵化率与参与蛋白代谢关键酶谷草转氨酶(ast)相对活力存在显著相关性[east≥(15.159±3.300)u·mg-1,hhatchingrate>20%,spearman相关系数为r=0.675,p=0.003],悬浮率和受精率与ast显著相关;大菱鲆受精卵悬浮率、受精率和孵化率与参与糖代谢关键酶丙酮酸激酶(pk)间相关性均不显著。该研究表明,ast相对活力可以作为用于评价大菱鲆卵质的生理生化参数,蛋白质在大菱鲆受精卵能量代谢过程中是一个重要的能量来源。
基于线粒体DNA部分片段探讨条石鲷与斑石鲷的亲缘关系
志忠,,马道远,徐世宏,刘清华,李军
华东政法大学学报 , 2011,
Abstract: 比较分析了条石鲷和斑石鲷线粒体基因组COI、Cytb基因以及D-loop片段总长度为1948bp的核苷酸序列,探讨了条石鲷和斑石鲷的遗传分化程度。两种间共检测到314个多态位点,蛋白质编码基因上的核苷酸替代主要是发生在密码子第3位点上的同义替换。核苷酸组成分析结果表明:三个目的片段的鸟嘌呤(G)含量普遍较低,在两个蛋白质编码基因密码子第3位点上表现得尤为明显。基于线粒体COI,Cytb基因和D-loop片段序列分析结果显示条石鲷和斑石鲷间平均遗传距离分别为0.097,0.080和0.172,属于属内种间差异水平。两种石鲷科鱼类在线粒体基因组不同片段上存在明显的遗传差异,核苷酸替代速率由大到小依次为D-loop>COI>Cytb。与以往的研究不同,条石鲷和斑石鲷线粒体COI基因片段上的核苷酸替代速率明显的高于Cytb基因片段,呈现出较快的进化速率。基于Cytb和ND5两个基因片段序列的分析结果表明:条石鲷和斑石鲷的分歧时间约为385万~530万a,分化事件发生于上新世早期(EarlyPliocene)。
4种鳕鱼线粒体16s?rrna、coi和cyt?b基因片段序列的比较研究
毕潇潇,高天翔,,
南方水产科学 , 2009, DOI: 10.3969/j.issn.1673-2227.2009.03.008
Abstract: 对狭鳕(theragrachalcogramma)、太平洋鳕(gadusmacrocephalus)、蓝鳕(micromesistiuspoutassou)和远东宽突鳕(eleginusgracilis)4种不同属鳕鱼的线粒体16srrna、cytochromeoxidasesubuniti(coi)和细胞色素b(cytb)基因片段序列进行了测定,分析比较了不同鳕鱼种间的序列差异。通过pcr扩增和序列测定,得到4种鳕鱼线粒体3个基因片段的总长度分别为539bp(16srrna)、601bp(coi)和385bp(cytb),其基因片段的a+t含量都较高。4种鳕鱼种内个体间序列变异较小,3个基因片段的核苷酸替代速率依次为cytb>coi>16srrna。cytb基因片段序列的分析结果显示太平洋鳕和狭鳕间分歧时间约为219万年,发生于中新世(miocene);宽突鳕与蓝鳕间分歧时间约为653万年,发生在上新世(pliocene)。根据遗传距离构建的nj系统树表明,狭鳕与太平洋鳕的亲缘关系较近,与蓝鳕的亲缘关系较远。
中国文昌鱼系统分类的线粒体coi和cyt?b基因片段分析(英文)
罗家聪,,宋林,高天翔,张岩
南方水产科学 , 2007,
Abstract: 白氏文昌鱼branchiostomabelcheri(gray)在我国和日本沿海均有分布,一般认为分布于青岛和日本沿海的文昌鱼为白氏文昌鱼的一个亚种(b.belcheritsingtauense),分布于厦门地区的文昌鱼为白氏文昌鱼。该文测定了厦门海域和青岛海域的文昌鱼mtdnacoi和cytb基因的部分序列,并与日本产的文昌鱼以及产于大西洋的几种文昌鱼进行了比较。基于coi和cytb基因序列的分析结果表明,厦门文昌鱼和青岛文昌鱼之间的平均遗传距离是18.8%和20.3%,远远超过了在其他物种中观察到的种内差异,已达到种间差异水平,而日本文昌鱼和青岛文昌鱼的遗传距离分别为1.3%和0.9%,应属于种内差异。该文研究结果支持厦门文昌鱼和青岛文昌鱼为不同种的观点。
沙氏下鱵鱼(hyporhamphussajori)卵的形态学及遗传学鉴别研究
卞晓东?,张秀梅?,高天翔?,
水产学报 , 2008, DOI: 10.3724/SP.J.00001
Abstract: 为了准确鉴别在南黄海海区(33°49′n,122°0′e)采集的附着在海藻上的鱼卵种类,本文利用光学显微镜、扫描电镜和遗传学方法开展了综合鉴别研究。在光学显微镜下:卵呈微扁圆形,卵径1.95~2.38mm,粘着沉性;卵黄间隙较窄,卵黄囊呈乳白色,无龟裂;卵膜平滑,在其表面有5~7根细长角质管状卵膜丝;多油球数不定(4~145),油球径0.05~0.50mm,油球在卵黄囊中的位置随不同的发育时期而不断发生变化;胚体处在不同的发育阶段,其特征符合颌针鱼目鱼卵的特征。在扫描电镜(sem)下观察:鱼卵受精孔明显,位于动物极的卵膜丝之间,外缘孔径12.3μm;卵膜壁孔不明显,在卵膜表面有大量颗粒状突起,密度约为50个/100μm2。遗传学分析结果显示:鱼卵与沙氏下鱵鱼mtdnacytb基因片段序列之间无差异,遗传距离为0,而与其它颌针鱼目鱼类序列间差异达18.72~21.3%,遗传距离在21.9~26.4%之间。nj分子系统树的聚类结果也显示鱼卵与沙氏下鱵鱼序列聚为一支,他们共享一个单倍型,而与其它颌针鱼目鱼类序列分为两大支,其亲缘关系较远。以上分析结果表明该鱼卵为沙氏下鱵鱼卵。
广义极值分布参数估计方法比较研究
Comparative Study on Parameter Estimation Methods of Generalized Extreme Value Distribution
 [PDF]

,
Journal of Water Resources Research (JWRR) , 2016, DOI: 10.12677/JWRR.2016.53033
Abstract:
研究广义极值分布参数估计的普通矩法、普通概率权重矩法和高阶概率权重矩法。以黔北地区五家院子和江滨水文站年最大洪峰流量序列为例,选用广义极值分布,应用普通矩法、普通概率权重矩和高阶概率权重矩进行参数估计,并对各方法的拟合效果和参数估计结果进行分析比较。结果表明:与普通矩法和普通概率权重矩法相比,高阶概率权重矩法能更好的拟合洪水序列的高尾部分洪水值,可以进行洪水频率分布的参数估计。蒙特卡洛试验表明:高阶概率权重矩法计算出的不同重现期洪水设计值的SE、Bias和RMSE较小,与常用的矩法、普通概率权重矩法相比,高阶概率权重矩法具有较高的精度。
Research on parameter estimation of Generalized Extreme Value distribution based on the moment, the probability weighted moment and the higher probability weighted moments. The two examples of Wujia Yuanzi and Jiang Bin stations annual maximum flow series were analyzed by the three parameter esti-mation methods of GEV distribution, which included the moment estimation, the probability weighted moment estimation and the higher probability weighted moment estimation. The results indicate that using the higher PWMs to fit the large flood values are much better than the moment and the probability weighted moment, and we can use it to estimate the parameters of the flood frequency distribution. The Monte Carlo experiments indicate that the SE, Bias and RMSE in the design floods of different return pe-riods which based on the higher probability weighted moments are smaller and the PWMs have higher accuracy than the moment and the probability weighted moment.
真鲷(Pagrus major)vasa 基因 5′端启动子克隆及表达载体构建
林 帆,刘清华,李 军,隋 娟,志忠,徐世宏,马道远,
海洋与湖沼 , 2011,
Abstract: 采用染色体步移(Genome walking)的方法克隆了真鲷vasa基因 5′侧翼序列, 采用生物信息学方法分析潜在的顺式作用元件, 并与斑马鱼核心启动子进行比对, 在此基础上构建了绿色荧光蛋白表达载体。序列分析结果显示: 克隆得到的真鲷vasa基因 5′侧翼序列序列长度为 2762bp, 其中包括 TATA-box、CAAT-box、SP-1、GAGA-1、OCT-1、v-Myb、Sox-5、SRY、HNF 等可能对vasa基因转录调控起重要作用的顺式作用元件。潜在的核心启动子区与斑马鱼核心启动子具有同源性(61.1%), 推测可能对转录调控具有重要的作用。采用 PCR 方法扩增起始密码 5′侧翼全长片段, 连接入去除 CMV 启动子的绿色色荧光蛋白载体, 最终成功构建真鲷vasa基因 5′侧翼表达载体, 为进一步研究分析启动子效率和绿色荧光蛋白在 PGCs 中的特异表达提供了基础。
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