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‘岩溪晚芦’椪柑果皮与果肉差减cdna文库的构建及初步分析
叶庆亮,江东,彭爱红
园艺学报 , 2009,
Abstract: 以‘岩溪晚芦’(citrusreticulatablanco)成熟果皮和果肉为材料,采用抑制性差减杂交技术,成功构建了果皮(tester)与果肉(driver)的差减cdna文库。结果显示:cdna克隆外源插入片段大小介于100~500bp之间。成功对411个克隆进行了测序,测序结果经与ncbi基因库中序列进行比较,377个est找到了同源序列,它们分属于126个基因,涉及到与色素合成、能量代谢、初级代谢、次生代谢、抗逆防御、蛋白代谢、信号转导、香味形成、果皮软化(衰老)、精油合成、抗氧化代谢等代谢途径和生理生化过程。还有一些基因涉及到三价铁螯合物、反转录转座子gag蛋白、查尔酮合成、硼离子转运、儿茶酚氧位甲基转移酶等功能。功能已知且没有重复的est共有63个,占总数的49.2%。有5个基因共62个克隆虽在blast搜索时找到了较高的同源性序列,但功能目前尚未明确,有待进一步深入分析。另有34个基因未搜索到同源序列,可能为新发现的基因。
干旱胁迫下黄花苜蓿与蒺藜苜蓿两个抑制性差减杂交文库的构建及分析
王天佐,赵敏桂,张文浩
草业学报 , 2012,
Abstract: 水分胁迫是植物面临的最主要的非生物胁迫之一,研究植物的抗旱机理以提高植物的抗旱能力具有重大的意义。抑制性差减杂交是一种筛选特异表达基因的良好手段,使用该方法成功构建了豆科植物黄花苜蓿和蒺藜苜蓿2个差减文库并进行测序。通过GO分类和KEGG分析等手段对文库中序列进行分类,并分析表达序列的差异,发现黄花苜蓿文库中对抵抗水分胁迫起积极作用的基因表达序列明显多于蒺藜苜蓿。此外,还对筛选到的2个基因在2种苜蓿中的干旱响应表达模式进行了分析,结果表明,在黄花苜蓿中这2个基因的表达更加有利于响应和抵抗干旱。这些结果在分子层面上一定程度的解释了黄花苜蓿较蒺藜苜蓿更加抗旱的原因。
Construction of a subtractive cDNA library from the internal organs of Trionyx sinensis experimentally infected by Aeromonas hydrophila
嗜水气单胞菌感染的中华鳖主要器官差减cDNA文库的构建

ZHOU Xiu-Xia,HUANG Rong,GUO Qiong-Lin,
周秀霞
,黄容,郭琼林

水生生物学报 , 2007,
Abstract: 以致病性嗜水气单胞菌(Aeromonas hydrophila)人工感染的中华鳖(Trionyx sinensis)肝、脾、肾组织为材料,应用抑制性差减杂交(SSH)技术,构建了嗜水气单胞菌感染组织的差减cDNA文库。以中华鳖管家基因-βactin作为差减指标检测该文库差减效率达210倍,表明感染细菌后某些差异表达基因得到了相应倍数的富集。将获得的cDNA片段连接到pMD18-T载体并转化大肠杆菌DH5α感受态细胞。PCR阳性检测显示差减片段在150—800bp之间。该差减cDNA文库的构建为快速分离和鉴定中华鳖与细菌感染相关的免疫基因及从分子水平探讨中华鳖的病理和抗感染免疫机制奠定了基础。
Found of Putative Virulent Genes of Streptotoccus suis Type 2 Strains
猪链球菌2型可能的毒力基因的发现

TIAN Yun~,
田云
,Frank,M,Aarestrup,陆承平

微生物学报 , 2004,
Abstract: 猪链球菌2型(SS2)感染已成为影响全世界养猪业的重要问题之一。SS2菌株可分为毒力株、弱毒力株和无毒力株,但目前尚无区分此3类菌株的快速、有效的检测方法。为了获得毒力株特异的基因序列,对毒力株HA9801及无毒力株12^#进行了抑制性差减杂交(SSH)实验,获得了5个可能的新的毒力基因片段,分别是转录调节子、氨基酸通透酶、ABC转运子及表面锚定蛋白,在国内外尚属首次报道。这一发现将有助于区分SS2型菌株的毒力类型,并为SS2毒力株检测方法的建立奠定基础。
西藏青稞品种喜马拉雅8号低温处理的SSH-cDNA文库构建及分析
王玉林,徐齐君,原红军,曾兴权,尼玛扎西
- , 2017, DOI: 10.7606/j.issn.1009-1041.2017.08.04
Abstract: 为进一步研究青稞低温抗性相关基因,以喜马拉雅8号为材料,通过抑制差减杂交(suppression subtractive hybridization,SSH)的方法,构建青稞低温环境下的cDNA文库,并通过nr及KEGG数据库对筛选得到的高质量EST序列进行功能注释。结果发现,对随机挑选的281个阳性克隆进行测序,获得209条高质量ESTs序列,其中有117条序列能够在GenBank库中比对到同源性较高的基因或蛋白。对上述117条序列进行GO功能注释及KEGG代谢路径分析,发现其涉及到植物的基础物质、能量代谢、光合作用、信号转导等方面,说明这些基因可能参与了青稞对低温的抗性反应。
草莓果实不同发育阶段抑制差减文库(ssh)的构建及相关基因的表达分析
周厚成,李刚,赵霞王子成,郭蔼光
农业生物技术学报 , 2013,
Abstract: ?寻找控制草莓果实硬度、成熟软化和褐化等性状相关基因并进行有效的调控具有现实意义,本研究分别以丰香草莓(fragaria×ananassaduch.cv.toyonoka)果实大绿果期和转色期两个发育阶段的cdna为实验组(tester)和驱动组(driver),利用抑制差减杂交(suppressionsubtractionhybridization,ssh)技术构建了正反两个cdna文库,分别包含516和524个克隆。通过est测序、序列拼接后,共获得707条uniests,其中正反向文库分别为369和338个非冗余序列(uniests),包括123条拼接序列(contigs)和584条单一序列(singletons)。在nt库比对中有537条uinests与已知基因匹配,占比75.95%;在nr库比对中有509条序列有匹配蛋白,占比71.99%。有193个uniests能进行geneyontology(go)功能注释,其中细胞组分被注释了315次、分子功能被注释了332次、生物过程被注释了409次。uniests的功能分析显示,绿果期文库多数与细胞营养生长、分裂、早期胚胎发育和营养运输有关,转色期文库主要与刺激代谢物形成、色素合成、果实软化和种子成熟有关,与草莓果实发育和成熟生理过程基本一致。采用qrt-pcr对果实成熟相关蛋白(putativeripening-relatedprotein)、多聚半乳糖醛酸酶(polygalacturonase,pg)、myb转录因子(mybtranscriptionfactor,myb)、类异黄酮还原酶(isoflavonereductase-likegene,irl)、胚胎发育晚期丰富蛋白(laterembryoabundantprotein,lea)、乙烯受体etr1(ethylenereceptoretr1)等6个基因在草莓果实发育、成熟期在根、叶、花中的表达模式进行了分析,研究结果为进一步研究草莓果实发育和成熟机制提供基础资料。
利用抑制差减杂交技术分离受水稻抗性调控的褐飞虱基因
杨之帆,陈永勤,李春华,蒋思婧
昆虫学报 , 2009,
Abstract: 为分离受水稻抗性调控的褐飞虱Nilaparvatalugens基因,以取食感虫水稻台中1号和高抗水稻B5的2叶1芯秧苗24h的褐飞虱4龄若虫为起始材料,采用抑制差减杂交技术构建了两个群体间的正反向差减cDNA文库。通过斑点杂交从差减文库中筛选代表受水稻抗性调控的基因的cDNA克隆,进行测序和功能分析,挑选具功能的基因进行Northern杂交验证。结果表明,通过斑点杂交筛选到的98个阳性克隆代表92个互不重复的单基因,其中25个与动物的已知蛋白基因存在较高的同源性。Northern杂交表明,这25个基因有11个表达上调,8个表达下调,提示它们可能在褐飞虱适应抗性水稻过程中发挥了重要作用。本研究结果为克隆上述新基因的全长cDNA序列及进一步研究其在褐飞虱与水稻互作中的功能奠定了基础。
镉诱导隆线溞(Daphnia carinata)生殖转化基因差减cDNA文库的构建与分析
罗文,曾文涛,王东方,郑大恒,韩继卫
海洋与湖沼 , 2012, DOI: 10.11693/hyhz201204025025
Abstract: 采用抑制性差减杂交方法进行了镉诱导下隆线溞生殖转化基因的抑制性差减cDNA文库的构建研究。结果显示, 其差异表达基因被富集了210倍左右, PCR 鉴定发现95%的克隆均含有200—800bp的插入片段; 测序获得的252个有效EST中, 与细胞分裂相关的有4个, 与细胞结构和功能相关的有52个, 与细胞代谢相关的有34个, 与信号传导相关的有16个, 与细胞防御相关的有10个, 与基因和蛋白质表达相关的有76个, 未知功能的EST有22个, 在GenBank中找不到任何同源序列的EST有38个。结果表明, 构建的差异表达cDNA文库具有很强的差减效率, 可较好地反映镉诱导下隆线溞差异表达的生殖转化基因信息。
纽荷尔脐橙贮藏枯水相关ests分离与初步分析
许兰珍,刘小丰,何永睿,姚利晓,彭爱红,雷天刚,陈善春
园艺学报 , 2011,
Abstract: 为分析柑橘果实贮藏过程中枯水相关特异基因的表达情况,以纽荷尔脐橙(citrussinensisosbeck)采摘后贮藏至略见枯水果实的果肉为测验方(tester),以刚采摘果实的果肉为驱动方(driver),采用抑制性差减杂交(suppressionsubtractivehybridization,ssh)技术成功构建了贮藏果实差减cdna文库,共获得656个阳性克隆。随机挑取克隆进行菌液pcr分析,插入片段长度主要集中在100~1000bp。成功对213个克隆进行测序,获得有效序列143条,经序列分析,共得到53条uniests序列。在ncbi基因库中对这53个uniests进行blast分析,比对结果参照mips的分类标准,按功能分为14类,其中参与代谢、能量及蛋白合成的ests最多,分别占到了全部ests的17%、11%和13%。
抑制性差减杂交技术(SSH)在植物学研究中的应用
阎爱华,王冬梅
华北农学报 , 2008, DOI: 10.7668/hbnxb.2008.S2.017
Abstract: 抑制性差减杂交是一种基于转录水平的杂交技术,能将差异表达基因扩增千倍后富集,具有高效、灵敏、操作简单,假阳性率低等特点,已经越来越多的被应用在植物学研究领域。就该技术的原理、特点及其在植物学方面的应用研究进展作一简要介绍。
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