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毒素DON单链抗体的同源建模及与DON结合的分子模拟研究
郑蓉,
化学学报 , 2011, DOI: 10.6023/A1104193
Abstract: 通过同源模建及分子力学构建并优化了呕吐毒素DON单链抗体的三维结构,结合Procheck和verify_3D方法评估得到合理的抗体模型.利用分子对接方法研究了单链抗体与其抗原DON的识别及相互作用.结果表明,毒素结合到抗体轻链上,通过轻重链的交界区残基与重链结合,与残基Pro107之间存在氢键作用.采用分子动力学模拟和MM/GBSA方法计算了毒素DON与抗体之间的结合自由能,计算结果与实验值相吻合,体系疏水相互作用是维持复合物稳定结构的主要驱动力.动力学模拟氢键分析和能量分解结果共同表明,残基Pro107参与稳定氢键的形成并贡献很强的范德华作用,是毒素结合抗体最关键的残基.本研究为该毒素抗体的结构设计提供了重要的线索和理论依据,对毒素类分子新型抗体的研究和开发具有理论指导价值.
西藏墨脱石锅饮食应用价值研究
黄爱玲,
福州大学学报(自然科学版) , 2011,
Abstract: 为了研究西藏墨脱石锅的烹调特性,对墨脱石锅的化学组成,烹调时锅中所释放的金属元素种类以及食物中氨基酸变化进行研究.实验结果显示,墨脱石锅与普通传统砂锅的化学成分基本一样,但是各个成分的比例差异较大.Cr、Cl、Ni、S、P元素是墨脱石锅独有的.石锅烹饪过程中释放到汤中的人体所需金属元素浓度比砂锅高.墨脱石锅在烹调过程中能促进食物中的蛋白质水解成氨基酸,从而提高汤中氨基酸的浓度,特别是人体所需氨基酸的浓度.研究表明,西藏墨脱石锅优良的材质,独特的烹调特性,将其加工成日常炊具将具有一定的市场前景.
一种采用新的相似性度量方法的共调控基因动态模糊聚类算法
李小梅,郭红,
福州大学学报(自然科学版) , 2011,
Abstract: 针对基因间共调控关系的特点和现有共调控基因聚类分析方法的不足,提出一种基于广义信息论中二次互信息的广义相似性度量标准QMISM,并利用免疫遗传算法将高维样本映射到二维空间,进而实现动态模糊聚类和聚类结果可视化.对人工合成数据和真实的基因表达数据的实验结果表明,该算法能得到更好的聚类结果.
lu分解和laplace算法在gpu上的实现
陈颖,林锦贤,
计算机应用 , 2011,
Abstract: ?随着图形处理器(gpu)性能的大幅度提升以及可编程性的发展,已经有许多算法成功地移植到gpu上。lu分解和laplace算法是科学计算的核心,但计算量往往很大,由此提出了一种在gpu上加速计算的方法。使用nvidia公司的统一计算设备架构(cuda)编程模型实现这两个算法,通过对cpu与gpu进行任务划分,同时利用gpu上的共享存储器提高数据访问速度,对gpu程序进行分支消除,并且对矩阵分段计算以达到加速计算的目的。实验结果表明,随着矩阵规模的增大,基于gpu的算法相对于基于cpu的算法具有良好的加速效果。
蛋白质网络的特征研究
林锦贤,胡尊胜,
福州大学学报(自然科学版) , 2014,
Abstract: 基于复杂网络理论研究蛋白质网络的特征. 构建了蛋白质网络,当截断距离R为0.7 nm时,单体蛋白网络表现出明显的小世界性质. 分析了蛋白质网络的分层结构,当截断距离增大时,分层指数b值减小,截断距离R为2.4 nm时,分层指数b与网络规模正相关. 研究结果表明,单体蛋白质网络及其对应复合物中肽链网络中接近中心度和介数中心度较高的残基均是非极性、 疏水性氨基酸.
蛋白质界面网络中模体和模块的探测
胡尊胜,林锦贤,
华侨大学学报(自然科学版) , 2014, DOI: 10.11830/ISSN.1000-5013.2014.01.0061
Abstract: 基于复杂网络研究蛋白质界面网络中的模体和模块,发现蛋白质界面网络与蛋白质肽链网络的拓扑性质有差异.蛋白质界面网络中的模体类型和数量受截断距离R影响较大,R值不同,网络中的模体类型和数量都有较大差别.蛋白质界面网络中存在模块结构,分析R为0.5,0.7,1.2,2.4nm时网络中存在的3-派系-模块,发现当R为0.7nm时的蛋白质界面网络模块划分比较符合实际.最后,分析蛋白质界面网络中的模块与其拓扑性质的关系,发现界面网络中的节点数与3-派系-模块数呈线性关系.
犬细小病毒VP2基因在枯草芽孢杆菌中的表达及鉴定
李爽,黄文斌,黄爱玲,
生物技术通报 , 2011,
Abstract: 从犬细小病毒/犬瘟热二联苗中提取CPV基因组,根据GenBank发表的CPV-VP2基因序列设计一对引物,对VP2基因进行PCR扩增,并克隆至TACloningKitDualPromoter(pCRⅡ),获得克隆载体pCR-VP2。将重组质粒亚克隆到枯草芽孢杆菌表达载体pHT43上,获得重组表达载体pHT43-VP2。经双酶切鉴定及序列比对分析后,将pHT43-VP2载体转化入枯草芽孢杆菌WB600中进行诱导表达,产物使用PAGE胶蛋白回收法纯化。结果表明,在69kD处存在目的蛋白,ELISA检测发现,纯化后的目的蛋白与阳性血清存在特异性反应。
多核cpu和gpu加速分子动力学模拟
林江宏,林锦贤,
计算机应用 , 2011,
Abstract: ?在多核中央处理器(cpu)—图形处理器(gpu)异构并行体系结构上,采用openmp和计算统一设备架构(cuda)编程实现了基于amber力场的蛋白质分子动力学模拟程序。通过合理地将程序划分为cpu单线程、cpu多线程和gpu多线程执行部分,高效地利用了计算机的处理能力。性能测试结果表明,相对于优化后的cpu串行计算,多核cpu-gpu异构并行计算模型有强大的性能优势,特别是将占整个程序执行时间90%的作用力的计算移植到gpu上执行,获得了最高可达12倍的计算加速比。
猕猴桃金属硫蛋白的结构建模
朱春明,,张日清,赵南明,刘进元
科学通报 , 2000,
Abstract: 应用距离几何算法对金属硫蛋白的半胱氨酸富含区进行了结构预测,并结合同源模块法成功地完成了对猕猴桃金属硫蛋白三级结构的建模。结果表明,植物金属硫蛋白也像哺乳动物金属硫蛋白一样具有独立形成两个金属硫络合族的结构基础,本方法可应用于其他同类蛋白的三级结构建模。
猕猴桃金属硫蛋白的结构建模
朱春明,,张日清,赵南明,刘进元
科学通报 , 2000,
Abstract: 应用距离几何算法对金属硫蛋白的半胱氨酸富含区进行了结构预测,并结合同源模块法成功地完成了对猕猴桃金属硫蛋白三级结构的建模.结果表明,植物金属硫蛋白也像哺乳动物金属硫蛋白一样具有独立形成两个金属硫络合簇的结构基础,本方法可应用于其他同类蛋白的三级结构建模.
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