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基于TCGA数据库的肝癌发生关键基因筛选
Identification Key Genes of Hepatocellular Carcinoma Base on TCGA Database
 [PDF]

贾俊君, , 张静, 姜骊, 周燕飞, 周琳,
Hans Journal of Surgery (HJS) , 2015, DOI: 10.12677/HJS.2015.41001
Abstract:
目的:肝癌是消化系统常见恶性肿瘤,是全世界第三位死亡原因和中国第二位死亡原因。肿瘤基因组图谱(TCGA)计划利用大规模测序为主的基因组分析技术,通过广泛的合作,理解癌症的分子机制,本研究利用TCGA数据库深入挖掘肝癌发生关键基因。材料方法:根据标准流程对TCGA数据进行处理、整合,对数据类型及水平进行评估,用R语言(3.1.1版本)中自带的DESeq和edgeR程序包进行分析,结果以热图(pheatmap)、韦恩图(VennDiagram)、hist、PlotMA等表示。差异基因的判断标准:1,表达量在2倍以上或者0.5倍以下,2,P < 0.05,3,基因排名在前10%。结果:TCGA数据库现有癌组织mRNA芯片信息17张,匹配正常组织mRNA芯片信息9张,共26张。Hist图反映的是每个经统计后P值得分布规律,图中可刊出P值接近0处频率很高,反映差异基因的数量很大。PLotMA图反应基因表达量的分布规律,提示表达上升基因数量较多。用DESeq方法一共找到719个差异基因,而用edgeR方法找到4413个差异基因,两种方法都鉴别出的共同差异基因713个。结论:TCGA法相较于传统的芯片筛选具有样本数量大、费用小、分析简单等优势,为更多的人进行大规模的肝癌基因组学研究以及基于基因组学的后续功能研究提供了可能性。
Objective: Hepatocellular carcinoma (HCC) is a common cancer of the digestive system, is the third cause of death worldwide and the second cause of death in China. The Cancer Genome Atlas (TCGA) aims to better understand the molecular mechanisms of cancer by using a large-scale genome se-quencing-based analysis techniques and extensive cooperation. This study introduces TCGA data-base to find key genes of HCC events. Materials and Methods: The data from TCGA were processed, integrated according to the standard procedure of TCGA, data types and levels were carefully as-sessed. Bioinformatics analysis was done using the DESeq and edgeR package of R language (3.1.1 version). Results were showed as pheatmap, VennDiagram, hist, PlotMA etc. Differences were de-fined as follows: expression increased more than two folds; P <0.05; gene ranked in the top 10%. Results: 17 mRNA chips of HCC and 9 mRNA chips of normal tissue were collected from TCGA data- base. Hist figure reflected the number of different gene was large. PLotMA map showed the distribu-tion of gene expression, suggesting most genes of different expression were increased. 719 diffe-rentially expressed genes were found by DESeq, while 4413 by edger, among which 713 were com-mon different genes. Conclusion: Compared to conventional microarray, TCGA method has its own advantages such as larger number of samples, less cost and easier for analyzing, offering opportuni-ty for large-scale genomic studies of HCC and subsequent functional genomics-based research.
新疆某矿铜铅混合精矿分离试验
, 魏转花,
金属矿山 , 2011,
Abstract: 根据新疆某大型矿山铜铅混合粗精矿的特点,拟定了合理的试验流程,进行了铜铅分离流程中脱药用活性炭和抑铅用组合抑制剂的用量试验,以及实现铜铅有效分离的混合粗精矿磨矿细度试验。该混合粗精矿经过优化的闭路流程处理,最终获得了铜品位21.50%、含铅4.57%、铜回收率69.92%的铜精矿,铅品位46.89%、含铜0.82%、铅回收率55.39%的铅精矿。?
盘克杂种、苏白杂种猪的十项生理指标测定
济民?,赵喜凤?,
西北农林科技大学学报(自然科学版) , 1960,
Abstract:
DNA错配修复酶hMSH2缺陷细胞株的建立
,庄志雄,扬杏芬,,杜柳涛
中国公共卫生 , 2003, DOI: 10.11847/zgggws2003-19-08-13
Abstract: ?目的建立并鉴定DNA错配修复酶hMSH2缺陷细胞株,用于研究hMSH2基因的作用机制及其缺陷与肿瘤发生的关系。方法运用基因工程的方法获得hMSH2cDNA片段,并反向克隆到绿色荧光蛋白真核表达载体pEGFP-C1上,随后将构建好的hMSH2反义RNA绿色荧光蛋白真核表达载体转染入人胚肺成纤维细胞(HLF),使之在HLF中表达,用蛋白免疫印迹法鉴定转染细胞中hMSH2基因的表达水平。结果构建了hMSH2反义RNA绿色荧光蛋白真核表达载体,并在真核细胞成功表达;hMSH2酶缺陷细胞株hMSH2基因的蛋白表达水平下降了44%。结论hMSH2缺陷细胞株的成功建立和鉴定为hMSH2基因功能研究提供了一种有效手段。
椰毒假单胞菌酵米面亚种选择性培养基研究
, 吴乐, 骆世银, 欧章玉, 蒋庚珍
中国公共卫生 , 1994,
Abstract: ?根据椰毒假单胞菌酵米面亚种生理生化特性,在抑菌实验基础上,研制出以无机盐和无机氮源为基础,以有机碳源为限制因子的双抗生素合成培养基(PCFA)。该培养基抑杂菌性强,选择性高,最低检出菌量6.3~89个/ml,检出灵敏度较传统培养基PDA提高了1000倍以上。适于从杂菌含量高的自然环境样品中检出椰毒假单胞菌酵米面亚种,是该菌中毒检验和进行自然分布调查与污染原追踪的一种较为理想的分离培养基。
离心泵基本方程的建立与分析
严敬,,王桃,严利,
农业机械学报 , 2007,
Abstract: 以矢量方法分析了旋转叶轮叶片间流体质点的受力及外力产生的功率,从一特殊角度导出了基本方程。这些分析和计算与传统的动量矩方法有重大区别,从根本上揭示了水流质点能量增长的原因与方式,以及叶轮流道中水流压力增长的重要规律。理论分析与叶轮内流场模拟计算结果基本一致。
谈谈文献工作标准体系表的编排原则

现代图书情报技术 , 1988,
Abstract:
改GB3259和GB3469的建议

现代图书情报技术 , 1988,
Abstract:
认识CCF记录字段

现代图书情报技术 , 1985,
Abstract:
文献工作标准化的概念和发展概况

现代图书情报技术 , 1987,
Abstract:
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