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利用两种不同引物扩增金龟子coⅰ序列片段的研究与对比
田雷雷,席景会,李克斌,孙昊雨,尹姣,曹雅忠
应用昆虫学报 , 2013,
Abstract: 利用两类不同的引物,即通用引物(l1490,h2198)与特异引物(pat,jerry)分别对4种常见金龟子线粒体细胞色素c氧化酶i(coⅰ)基因片段序列进行扩增和测序,获得长度为689bp与775bp的序列。对测序结果进行遗传距离分析,并构建了4种金龟子系统进化树。结果表明,特异引物扩增序列的遗传距离在种内稳定性与种间的差异性都明显优于通用引物扩增序列,利用特异引物扩增序列所构建的系统进化树最符合实际情况,因此利用特异引物扩增序列更能够准确的对金龟子进行分类。
用通用引物扩增细胞色素b基因进行牦牛肉的鉴定
胡强,郑玉才,金素钰,王延云,陈琛,周静,梁梓
食品科学 , 2007,
Abstract: ?本研究的目的是建立牦牛和黄牛肉的基因水平鉴定方法。从牦牛、黄牛和四川几个地方黑山羊品种的肉中提取基因组dna,采用一对通用引物扩增细胞色素b基因中一段长度为421bp的序列,并进行了克隆测序。结果显示,通用引物能很好地扩增不同动物细胞色素b基因,扩增片段序列在牦牛与黄牛之间存在差异较大,能用于这两种肉的鉴定;而在金堂黑山羊、白玉黑山羊和美姑黑山羊之间差异非常小。本研究建立了pcr-rflp方法鉴定牦牛和黄牛肉,这对于动物保护以及来源不明的肉类产品的区分具有实际应用价值。
Comparison of enteric pathogenic bacteria measurements in surface waters by quantitative polymerase chain reaction and membrane filter culture analysis
环境水体中肠道病原细菌定量PCR检测与膜过滤分析方法的比较

LIU Yongjun,ZHANG Chongmiao,WANG Xiaochang,LU Yingjun,LI Angzhen,XUE Xiaoping,
刘永军
,张崇淼,王晓昌,吕英俊,李昂臻,薛小平

环境科学学报 , 2008,
Abstract: 采用通用引物,通过实时荧光定量PCR方法(QPCR),对西安市5个地表水体中肠道病原细菌的细胞密度进行了分析.检测水样体积为100mL,分别于2006年3~6月取自水源水(黑河)、景观娱乐用水(大唐芙蓉园北湖和兴庆湖)、纳污河(浐河)和未消毒的二级出水(北石桥污水处理厂),并将QPCR检测结果与滤膜法(MF)测得的细菌总数、大肠菌群和粪大肠杆菌CFU结果进行了比较分析.5个水体(n=60)检测结果显示,QPCR检测结果是大肠菌群CFU的2.2~5倍,是粪大肠杆菌CFU的7~14倍.病原细菌检测的几何平均值范围,QPCR法在25~67000 CCE·100mL-1之间,MF法大肠菌群在3~45000 CFU·100mL-1之间,粪大肠菌群在0~3000 CFU·100mL-1之间(n=60).两种方法的检测结果使用Spearman秩相关法来计算,结果显示,QPCR检测结果与大肠菌群、细菌总数以及粪大肠杆菌CFU均呈现显著正相关,秩相关系数分别为r=0.983、r=0.908和r=0.948.
Detection of Enteric Pathogenic Bacteria from Surface Waters by Quantitative Polymerase Chain Reaction (QPCR)
环境水体中肠道病原细菌的定量PCR检测

LIU Yong-jun,ZHANG Chong-miao,WANG Xiao-chang,L Ying-jun,ZUO Li-li,
刘永军
,张崇淼,王晓昌,吕英俊,左丽丽

环境科学 , 2008,
Abstract: A rapid quantitative polymerase chain reaction (QPCR) analysis method with universal primers was developed to detect cell densities of the enteric pathogenic bacteria from 5 surface water of Xi'an City for 4 months continuously. And the detection results by QPCR method were compared with counts of coliforms colony-forming units (CFU) determined by membrane filter (MF) analysis. The results showed that QPCR method had an estimated 94% confidence, and detection limit was 2.7 Escherichia coli cells per sample in undiluted DNA extracts. For five surface waters (N = 60), the geometric mean of pathogenic bacteria concentration determined by QPCR was 2.2-5 times of corresponding coliform CFU determined by MF analysis. Using QPCR analysis, these geometric means of pathogenic bacteria concentration ranged from 25 CCE/100 mL to 67 000 CCE/100 mL. Using MF culture analysis, coliforms ranged from 3 CFU/100 mL to 45 000 CFU/100 mL. Regression analysis showed that there was a significant positive correlation between pathogenic bacteria determined by QPCR method and coliforms determined by MF method, the correlation coefficient (r) was 0.983.
环境水体中肠道病原细菌定量PCR检测与膜过滤分析方法的比较
刘永军,张崇淼,王晓昌,吕英俊,李昂臻,薛小平
环境科学学报 , 2008,
Abstract: 采用通用引物,通过实时荧光定量PCR方法(QPCR),对西安市5个地表水体中肠道病原细菌的细胞密度进行了分析.检测水样体积为100mL,分别于2006年3~6月取自水源水(黑河)、景观娱乐用水(大唐芙蓉园北湖和兴庆湖)、纳污河(浐河)和未消毒的二级出水(北石桥污水处理厂),并将QPCR检测结果与滤膜法(MF)测得的细菌总数、大肠菌群和粪大肠杆菌CFU结果进行了比较分析.5个水体(n=60)检测结果显示,QPCR检测结果是大肠菌群CFU的2.2~5倍,是粪大肠杆菌CFU的7~14倍.病原细菌检测的几何平均值范围,QPCR法在25~67000CCE·100mL-1之间,MF法大肠菌群在3~45000CFU·100mL-1之间,粪大肠菌群在0~3000CFU·100mL-1之间(n=60).两种方法的检测结果使用Spearman秩相关法来计算,结果显示,QPCR检测结果与大肠菌群、细菌总数以及粪大肠杆菌CFU均呈现显著正相关,秩相关系数分别为r=0.983、r=0.908和r=0.948.
应用改进的通用荧光PCR引物进行多重STR分型
张超,范忠鹏,朱旺升,赵莹,陈绅波,李凯,周宇荀,肖君华
动物学杂志 , 2008,
Abstract: 通过设计通用荧光PCR引物并结合DNA测序系统建立了小鼠的多重STR分型方案。实验针对小鼠基因组设计了两对不同的通用引物序列,标记了FAM荧光的通用序列和"加尾"的位点特异性引物共同用于小鼠的多重PCR的STR基因分型。本研究优化了通用引物和特异性引物间的比例,优化了多重STR-PCR的反应条件,并最终利用该技术方案实现了五重STR分型。实验验证了该方案在多重STR分型中的可行性。与传统的荧光检测PCR产物方案相比,应用通用方案完成多重PCR反应大大节省了实验时间与经费。
不结球白菜SSR引物的高效开发及其通用性研究
崔秀敏,侯喜林,董玉秀
科技导报 , 2005,
Abstract: 利用改进的ISSR-PCR分离不结球白菜基因组微卫星,进行两步PCR,分别设计出SSR两端引物IP2和IP3(即SSR引物对),SSR引物产率为12%,明显高于传统方法。不结球白菜SSR序列以(GA)n为主,占70%。将69对SSR引物用于芸苔属其它8种作物的扩增,97%引物有显著扩增,扩增率最高的为四倍体白菜和甘蓝(85.5%),最低的为青花菜(49.3%)。10对为通用引物,在所检测的8种作物中片段大小一致,其余的扩增片段和数目差异较大,表现出较为丰富的多态性。尤其是在C基因组的甘蓝和花椰菜上,最多可检测到5个位点,表明运用ISSR-PCR开发出的引物多态性较高。
环境水体中肠道病原细菌的定量PCR检测
刘永军,张崇淼,王晓昌,吕英俊,左丽丽
环境科学 , 2008,
Abstract: 采用通用引物,通过实时荧光定量PCR方法(QPCR),对西安市5处地表水体中肠道病原细菌的细胞密度进行4个月的连续检测,并将QPCR检测结果与滤膜法测得的大肠菌群CFU值进行比较分析.结果显示,QPCR法可信度为94%,最小检测值为每管未稀释DNA提取物含2.7个大肠杆菌细胞.5个水体(N=60)检测结果表明,QPCR检测结果是大肠菌群CFU的2.2~5倍.病原细菌的几何平均值范围,QPCR法在25~67?000CCE/100 mL之间,MF法大肠菌群为3~45?000CFU/100 mL之间.2种方法的离散和回归分析表明,QPCR检测结果与大肠菌群CFU显著正相关,秩相关系数为R=0.983.
结合通用引物快速简便鉴定阳性克隆的PCR方法
崔静,黄爱龙,张文露
生物技术通报 , 2008,
Abstract: 通用引物与载体多克隆位点两端序列互补,将目的片段构建入载体pGEM-TEasy中,利用载体通用引物M13F和M13R结合片段特异引物进行菌液PCR反应。用PCR产物电泳结果来筛选阳性克隆并鉴定目的片段插入方向,同时能有效对短插入片段重组子进行筛选与鉴定。最终以DNA测序结果来验证,与测序结果一致,显示通用引物PCR方法对阳性克隆的筛选和鉴定优于传统酶切和普通PCR鉴定方法,能够弥补传统方法的不足,且简便快速,可作为筛选和鉴定阳性克隆的有效手段。
免疫捕捉通用引物pcr检测食品中沙门氏菌
张体银,黄晓蓉,郑晶,邵碧英,黄嫦娇,陈彬,林杰,汤敏英
食品科学 , 2009,
Abstract: ?利用免疫吸附富集结合经典pcr技术建立免疫捕捉通用引物pcr(ic-uppcr)检测食品中沙门氏菌。采用细菌16srrna基因保守区设计特异性引物,建立通用引物pcr技术是可行的,该ic-uppcr检测沙门氏菌的灵敏度最低,能检测到2×102cfu/ml,检测沙门氏菌属和非沙门氏菌属标准株的特异性为100%,无假阳性和假阴性出现。结果表明该方法具有简单、快速、特异性好和敏感性高等特点,并可满足大批样品沙门氏菌筛选检测的要求,适用于食品卫生监管、商品检验检疫以及临床诊断等领域。
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