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Avalia??o de métodos de estima??o de componentes de variancia utilizando dados simulados
Carneiro Júnior, José Marques;Euclydes, Ricardo Frederico;Lopes, Paulo Sávio;Torres, Robledo de Almeida;
Revista Brasileira de Zootecnia , 2004, DOI: 10.1590/S1516-35982004000200008
Abstract: studies on simulation were carried out aiming to achieve a comparative analysis between the following variance component estimation methods: restrict maximum likelihood (reml), maximum likelihood (ml) and method iii of henderson. all of them were used as a reproducer model, and the reml method was also used as a animal model. the main objective was to verify the effect of the unbalanced data on the estimation of the variance components. a genomic, made of a single quantitative characteristic, ruled by 200 loci was simulated. the genomic was used in the construction of three base-populations with heritability of 0.60, 0.30 and 0.10, constituted by 1000 animals (500 males and 500 females). from each base-population, it was constructed the initial populations. each initial population was submitted to the mating at random, that producing four populations for each heritabilities studied. for a comparative study of the methods, different kinds and levels of unbalanced were introduced in the populations. for the population with high heritability and fully balanced data, the three methods, used as a reproducer models, presented similar results among themselves. for populations with low heritability, the reml method, used as an animal model, presented results closer to the real value for the additive genetic variance. the induced unbalanced data did not affect the estimation of the variance components by the methods. the differences observed were a consequence of the heritability levels. the reml method, as an animal model, could be considered the most appropriate to estimate the variance components for traits of low heritability.
Tendências genéticas dos efeitos genéticos direto e materno em características reprodutivas de suínos
Pires Aldrin Vieira,Lopes Paulo Sávio,Torres Robledo de Almeida,Euclydes Ricardo Frederico
Revista Brasileira de Zootecnia , 2000,
Abstract: Foram utilizados dados de peso da leitegada ao nascimento (PLN), peso da leitegada aos 21 dias (PL21), tamanho de leitegada ao nascimento (TLN), tamanho de leitegada ao desmame (TLD) e taxa de mortalidade (TM), para avaliar a tendência genética atribuída aos efeitos genéticos aditivos diretos e maternos, em suínos Duroc, Landrace e Large White. As estimativas dos componentes de (co)variancia foram obtidas pelo método da máxima verossimilhan a restrita (REML). As tendências genéticas dos efeitos genéticos direto e materno foram calculadas pela regress o das médias dos valores genéticos preditos das características, em rela o ao ano de nascimento das porcas. As estimativas de tendências genéticas dos efeitos diretos mostraram que pouco ou praticamente nenhum progresso ocorreu nas características de leitegada, havendo tendências genéticas negativas (-0,0382 a 0,0756 kg no PLN, -0,1119 a 0,1118 kg no PL21, -0,0031 a 0,0509 leit es no TLN, -0,0217 a 0,0084 leit es no TLD e 0,0997 a --0,0059% na TM), evidenciando a dificuldade de se obterem ganhos genéticos expressivos nas características reprodutivas. Estes resultados destacam a importancia de se utilizar a informa o de parentes no melhoramento genético destas características, para otimizar os ganhos por sele o. As estimativas de tendência genética dos efeitos genéticos materno apresentaram-se, em geral, negativas, possivelmente em fun o das correla es genéticas negativas entre os efeitos genéticos aditivos direto e materno.
Efeito de tipos de acasalamentos e raz es sexuais na sele o baseada no BLUP
Cunha Elizangela Emídio,Euclydes Ricardo Frederico,Torres Robledo de Almeida,Lopes Paulo Sávio
Revista Brasileira de Zootecnia , 2003,
Abstract: Diferentes tipos de acasalamentos foram avaliados, por meio de dados simulados, em popula es submetidas à sele o com base no BLUP, durante 50 gera es. Considerou-se uma característica quantitativa de herdabilidade 0,10 e a seguinte estrutura das popula es de sele o: valores de raz o sexual: 10, 20, 25 e 50; números de machos selecionados por gera o: 10, 5, 4 e 2; tamanhos efetivos de popula o: 36,36; 19,05; 15,38; e 7,84, respectivamente. Em cada valor de raz o sexual, as popula es foram acasaladas segundo um dos tipos de acasalamentos: acasalamentos preferenciais de meios-irm os e irm os completos, acasalamentos preferenciais entre meios-irm os, acasalamentos ao acaso, exclus o de acasalamentos entre irm os completos e exclus o de acasalamentos de meios-irm os e irm os completos. Os parametros genéticos avaliados foram valores fenotípicos médios e consangüinidade média por gera o. No menor valor de raz o sexual, observou-se melhor desempenho fenotípico de todos os tipos de acasalamentos. Os tipos de acasalamentos que n o permitiram acasalar irm os proporcionaram maiores ganhos fenotípicos e foram os mais efetivos no controle da consangüinidade, no curto prazo, embora n o tivessem impedido seu aumento e acúmulo, ao longo das gera es.
Estima o de parametros genéticos de características reprodutivas em suínos
Pires Aldrin Vieira,Lopes Paulo Sávio,Torres Robledo de Almeida,Euclydes Ricardo Frederico
Revista Brasileira de Zootecnia , 2000,
Abstract: Com o objetivo de estimar os parametros genéticos e fenotípicos de características reprodutivas de suínos, foram utilizados dados de peso da leitegada ao nascimento (PLN), peso da leitegada ajustado para 21 dias (PL21), tamanho de leitegada ao nascimento (TLN), tamanho de leitegada ao desmame (TLD) e taxa de mortalidade (TM), de três ra as de suínos, Duroc, Landrace e Large White. Variancias e covariancias genéticas e fenotípicas foram estimadas pelo Método da Máxima Verossimilhan a Restrita (REML), usando modelo que inclui os efeitos genéticos direto e materno e comum de leitegada. Estes componentes foram usados para calcular as herdabilidades direta (), materna () e total (), o efeito comum de leitegada (c2) e as correla es genéticas e fenotípicas. As herdabilidades direta, materna e total apresentaram valores baixos a médios: 0,00 a 0,17, 0,00 a 0,14 e 0,00 a 0,15, respectivamente, destacando a importancia da sele o com base nas informa es de parentes para o melhoramento genético destas características. As correla es entre os efeitos genéticos aditivos direto e materno foram, de modo geral, altas e negativas, evidenciando antagonismo entre estes efeitos. As estimativas de c2 foram em geral baixas para todas as características. As correla es genéticas entre PLN, PL21, TLN e TLD tenderam a ser altas e positivas, e as correla es entre estas características e TM apresentaram-se ora positivas, ora negativas.
Avalia o de modelos para estimativa de componentes de (co)variancia em características reprodutivas de suínos
Pires Aldrin Vieira,Lopes Paulo Sávio,Torres Robledo de Almeida,Euclydes Ricardo Frederico
Revista Brasileira de Zootecnia , 2000,
Abstract: Foram analisados dados de características reprodutivas de três ra as de suínos, Duroc, Landrace e Large White, para avaliar a importancia de inclus o dos efeitos genético materno e comum de leitegada em modelos animais. As características tamanho de leitegada ao nascimento, tamanho de leitegada ao desmame, peso de leitegada ao nascimento, peso de leitegada aos 21 dias de idade e taxa de mortalidade foram avaliadas pelo método da máxima verossimilhan a restrita (REML), obtendo-se um valor de verossimilhan a para cada característica e ra a. O teste da raz o de verossimilhan a foi aplicado para se verificar qual o modelo mais adequado na avalia o genética animal: o modelo 1, que continha o efeito genético direto; o modelo 2, que continha os efeitos genéticos direto e materno; o modelo 3, que continha o efeito genético direto e o efeito comum de leitegada; e o modelo 4, que incluía os efeitos genéticos direto e materno, e o comum de leitegada. Diferentes modelos foram indicados para diferentes características e ra as, sendo que o modelo 4 foi o mais indicado para a maioria das características e ra as. Estes resultados evidenciam a importancia da inclus o dos efeitos genético aditivo materno e comum de leitegada, na avalia o de características de leitegada em suínos para se estimarem, com maior precis o, os parametros genéticos destes rebanhos.
Heterogeneidade e avalia o genética em bovinos, estudo utilizando dados simulados = Heterogeneity and genetic evaluation in bovines, a study using simulated data
Antonio Policarpo Souza Carneiro,Robledo de Almeida Torres,Paulo Sávio Lopes,Ricardo Frederico Euclydes
Acta Scientiarum : Animal Sciences , 2008,
Abstract: Para estudar os efeitos de heterogeneidade sobre a avalia o genética de bovinos, foram simuladas várias estruturas de dados com heterogeneidade para diferentes parametros, com e sem conexidade genética entre rebanhos. O “software” Genesys foi usado para gerar os dados e a metodologia MTDFREML para analisar estes dados. Os valores mais baixos de correla es de ordem (correla o de Spearman) entre valores genéticos verdadeiros e preditos foram obtidos para a estrutura de dados em que os rebanhos apresentavam heterogeneidade para todos os parametros. Para as estruturas de dados com médias genéticas similares e heterogeneidade para outros parametros, as correla es entre valores genéticos foram superiores a 70% e próximas às obtidas para dados sem heterogeneidade, indicando que a heterogeneidade para variancias e média fenotípica tem pequeno efeito sobre a avalia o genética. A alta conexidade genética dos dados melhorou a predi o dos valores genéticos de touros, mas este efeito n o foi notado na avalia o genética das progênies e, principalmente, das vacas. As correla es de ordem calculadas com base nas predi es das análises de característica única e de características múltiplas foram muito semelhantes, indicando que a análise de características múltiplas n o foi eficiente para eliminar os problemas de heterogeneidade para média genética. In order to study the effects of heterogeneity on bovine geneticevaluation, several structures of data were simulated with heterogeneity for different parameters, with and without genetic connexity among herds. The Genesys software was used to generate the data and the MTDFREML metodology was employed to analyze thisdata. The lowest values of the rank correlations (Spearman correlation) were obtained for the data structure of herds with heterogeneity for all parameters. For the structures of data with similar genetic means and heterogeneity for others parameters, the correlations between breeding values were greater than 70% and near those obtained for data without heterogeneity, which indicates that the heterogeneity for variances and phenotypic mean has little effect on genetic evaluation. The high genetic connexity of data improved theprediction of breeding values of bulls, but this effect was not noted for progenies and, mainly, the genetic evaluation of cows. The rank correlations based on predictions from single and multiple traits analysis were very similar, indicating that the multiple trait analysis was not efficient in eliminating the problems of genetic means heterogeneity.
Behavior of genetic (co)variance components in populations simulated from non-additive genetic models of dominance and overdominance
Cunha, Elizangela Emídio;Euclydes, Ricardo Frederico;Lopes, Paulo Sávio;Torres, Robledo de Almeida;Carneiro, Paulo Luiz Souza;
Revista Brasileira de Zootecnia , 2010, DOI: 10.1590/S1516-35982010000900013
Abstract: the aim of this work was to investigate the short-term behavior of the genetic variability of quantitative traits simulated from models with additive and non-additive gene action in control and phenotypic selection populations. both traits, one with low (h2 = 0.10) and the other with high (h2 = 0.60) heritability, were controlled by 600 biallelic loci. from a standard genome, it was obtained six genetic models which included the following: only the additive gene effects; complete and positive dominance for 25, 50, 75 and 100% of the loci; and positive overdominance for 50% of the loci. in the models with dominance deviation, the additive allelic effects were also included for 100% of the loci. genetic variability was quantified from generation to generation using the genetic variance components. in the absence of selection, genotypic and additive genetic variances were higher. in the models with non-additive gene action, a small magnitude covariance component raised between the additive and dominance genetic effects whose correlation tended to be positive on the control population and negative under selection. dominance variance increased as the number of loci with dominance deviation or the value of the deviation increased, implying on the increase in genotypic and additive genetic variances among the successive models.
Raz?es entre componentes da variabilidade de características quantitativas simuladas com efeitos genéticos de dominancia e sobredominancia
Cunha, Elizangela Emídio;Euclydes, Ricardo Frederico;Torres, Robledo de Almeida;Lopes, Paulo Sávio;Carneiro, Paulo Luiz Souza;
Revista Brasileira de Zootecnia , 2009, DOI: 10.1590/S1516-35982009001000006
Abstract: ratios were assessed between variability components of quantitative traits simulated from the genome incorporating non-additive genetic effects in random mating populations and short-term phenotypic selection. a trait of low (h2 = 0.10) heritability and another of high (h2 = 0.60) heritability were studied, both influenced by 600 bi-allelic loci. five gene action models were simulated, of which four included complete and positive dominance for 25, 50, 75 and 100% of the loci (d25, d50, d75 and d100, respectively); and one model included positive overdominance for 50% of the loci. every model included additive effects of the alleles for 100% of the loci. the main quantified ratios were d2 (dominance variance/phenotypic variance) and d2a (dominance variance/additive variance). for both traits, d2 and d2a increased according to the increase in the variance of dominance with the growing inclusion of loci with dominance deviation and under overdominance. for the same model, both ratios, especially d2, are greater under high heritability, that indicates that the dominance effects explain the greater part of the total variability of this trait under selection.
Genetic evaluation for persistency of lactation in Holstein cows using a random regression model
Cobuci, Jaime Araujo;Euclydes, Ricardo Frederico;Costa, Claudio Napolis;Torres, Robledo de Almeida;Lopes, Paulo Sávio;Pereira, Carmen Silva;
Genetics and Molecular Biology , 2007, DOI: 10.1590/S1415-47572007000300009
Abstract: a model for analyzing test day records including both fixed and random coefficients was applied to the genetic evaluation of first lactation data for holstein cows. data comprising 87045 test-day milk yield records from calving between 1997 and 2001 from holstein herds in 10 regions of the brazilian state of minas gerais. six persistency of lactation measures were evaluated using breeding values obtained by random regression analyses. the wilmink function was used to model the additive genetic and permanent environmental effects. residual variance was constant throughout lactation. ranking for animals did not change among criteria for persistency measurements, but ranking changes were observed when the estimated breeding value (ebv) for persistency of lactation was contrasted with those estimated for 305-day milk yield (305my). the rank correlation estimates for persistency of lactation and 305my were practically the same for sire and cows, and ranged from -0.45 to 0.69. the ebvs for milk yield during lactation for sires producing daughters with superior 305my indicate genetic differences between sires regarding their ability to transmit desirable persistency of lactation traits. this suggests that selection for total lactation milk yield does not identify sires or cows that are genetically superior in regard to persistency of lactation. genetic evaluation for persistency of lactation is important for improving the efficiency of the milk production capacity of holstein cows.
Estimation of genetic parameters for test-day milk yield in Holstein cows using a random regression model
Cobuci, Jaime Araujo;Euclydes, Ricardo Frederico;Lopes, Paulo Sávio;Costa, Claudio Napolis;Torres, Robledo de Almeida;Pereira, Carmen Silva;
Genetics and Molecular Biology , 2005, DOI: 10.1590/S1415-47572005000100013
Abstract: test-day milk yield records of 11,023 first-parity holstein cows were used to estimate genetic parameters for milk yield during different lactation periods. (co)variance components were estimated using two random regression models, rrm1 and rrm2, and the restricted maximum likelihood method, compared by the likelihood ratio test. additive genetic variances determined by rrm1 and additive genetic and permanent environmental variances estimated by rrm2 were described, using the wilmink function. residual variance was constant throughout lactation for the two models. the heritability estimates obtained by rrm1 (0.34 to 0.56) were higher than those obtained by rrm2 (0.15 to 0.31). due to the high heritability estimates for milk yield throughout lactation and the negative genetic correlation between test-day yields during different lactation periods, the rrm1 model did not fit the data. overall, genetic correlations between individual test days tended to decrease at the extremes of the lactation trajectory, showing values close to unity for adjacent test days. the inclusion of random regression coefficients to describe permanent environmental effects led to a more precise estimation of genetic and non-genetic effects that influence milk yield.
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