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Diversidade genética de popula es naturais de Pfaffia glomerata (Spreng.) Pedersen estimada por marcadores RAPD = Genetic diversity in natural populations of Pfaffia glomerata (Spreng.) Pedersen estimated by RAPD markers
Takeshi Kamada,Edgard Augusto de Toledo Picoli,Acelino Couto Alfenas,Cosme Dami?o Cruz
Acta Scientiarum : Agronomy , 2009,
Abstract: Pfaffia glomerata é uma espécie nativa da América do Sul e de ocorrência natural em alguns Estados do Brasil. Porém, as popula es naturais de fáfia têm sido amea adas em decorrência do intenso extrativismo, em virtude de suas propriedades terapêuticas deinteresse. No presente estudo, objetivou-se estimar a diversidade genética de quatro popula es naturais oriundas da bacia do Rio Paraná. Os indivíduos foram multiplicados in vitro e caracterizados de acordo com o padr o eletroforético de marcadores RAPD, utilizando-se 268 marcas polimórficas obtidas a partir de 67 primers. As estimativas de distancia genética foram obtidas pelo complemento aritmético do coeficiente de Nei e Li, e os genótipos agrupados de acordo com o método UPGMA. Três popula es situadas próximas às margens do rio Paraná e na ilha do Mineiro apresentaram baixos índices de diversidade entre elas, e estas possuem o mesmo fluxo de dispers o dos propágulos. A popula o situada nas proximidades da margem do rio Ivaí (afluente do rio Paraná) apresentou maiores valores de diversidade dentro da popula o e entre as popula es,indicando que sua preserva o é prioritária e a origem da variabilidade pode estar relacionada ao fluxo de dispers o de propágulos. Pfaffia glomerata is a native species from South America, occurring naturally in some states of Brazil. The ever growing interest by thespecies, mainly due to its important therapeutic properties, has threatened the natural populations, as exploitation has occurred in a rather predatory way. The present study aimed to compare the genetic diversity of four natural populations originated from of thearea of the Paraná River basin (Paraná and Mato Grosso States). The individuals were propagated in vitro and characterized by means of RAPD markers. A total of 267 polymorphic marks were obtained from 67 primers. The genetic distance estimates were obtained based on the complement arithmetic of Nei and Li’s similarity coefficient, and thegenotypes were grouped according to the UPGMA method. Three populations from the margin of the Paraná River and at Mineiro Island presented low diversity levels among them, though possessing the same propagule dispersal flow. The population located in the proximities of the margin of the Ivaí river (tributary of the river Paraná) presented greater diversity values within and among the populations, suggesting that its preservation should be a priority and that the origin of the genetic variability may be related to the dispersionflow of the vegetative propagules.
Diversidade genética em quiabeiro baseada em marcadores RAPD
Martinello Gilmar E.,Leal Nilton R.,Amaral Júnior Ant?nio T. do,Pereira Messias G.
Horticultura Brasileira , 2003,
Abstract: Avaliou-se a utiliza o de marcadores RAPD para estimar a diversidade em 42 acessos do gênero Abelmoschus e um de Hibiscus. As estimativas das distancias genéticas foram feitas com base no complemento aritmético do índice de Jaccard. Foram utilizadas as técnicas de análise multivariada, através de agrupamento hierárquico do vizinho mais próximo e método de Tocher, para estudar os arranjos dos grupos de genótipos, bem como analisar os métodos de agrupamentos empregados. Trinta e um iniciadores foram utilizados para amplificar fragmentos de DNA pela rea o de polimeriza o em cadeia (PCR) e foram gerados 103 fragmentos RAPD. O agrupamento hierárquico dos 43 genótipos com base no método do vizinho mais próximo separou os acessos, de modo geral, conforme as espécies botanicas, formando 6 grupos distintos. Isto foi confirmado pela proje o das distancias genéticas no plano bidimensional, onde o primeiro e maior dos grupos reuniu os acessos de A. esculentus e A. caillei. Por outro lado, o método de Tocher reuniu 90% do germoplasma no grupo I incluindo, neste, os acessos de A. moschatus e A. manihot, além das outras duas espécies anteriores. O método de otimiza o de Tocher permitiu a forma o de apenas 4 grupos de genótipos, mostrando-se coerente apenas em parte à análise de agrupamento hierárquico. Porém, o reagrupamento dos acessos do grupo I de Tocher pelo método hierárquico, revelou a existência de maior heterogeneidade genética no germoplasma estudado.
Diversidade genética de popula??es naturais de Pfaffia glomerata (Spreng.) Pedersen estimada por marcadores RAPD
Kamada, Takeshi;Picoli, Edgard Augusto de Toledo;Alfenas, Acelino Couto;Cruz, Cosme Dami?o;Vieira, Roberto Fontes;Otoni, Wagner Campos;
Acta Scientiarum. Agronomy , 2009, DOI: 10.4025/actasciagron.v31i3.548
Abstract: pfaffia glomerata is a native species from south america, occurring naturally in some states of brazil. the ever growing interest by the species, mainly due to its important therapeutic properties, has threatened the natural populations, as exploitation has occurred in a rather predatory way. the present study aimed to compare the genetic diversity of four natural populations originated from of the area of the paraná river basin (paraná and mato grosso states). the individuals were propagated in vitro and characterized by means of rapd markers. a total of 267 polymorphic marks were obtained from 67 primers. the genetic distance estimates were obtained based on the complement arithmetic of nei and li's similarity coefficient, and the genotypes were grouped according to the upgma method. three populations from the margin of the paraná river and at mineiro island presented low diversity levels among them, though possessing the same propagule dispersal flow. the population located in the proximities of the margin of the ivaí river (tributary of the river paraná) presented greater diversity values within and among the populations, suggesting that its preservation should be a priority and that the origin of the genetic variability may be related to the dispersion flow of the vegetative propagules.
Diversidade genética estimada com marcadores ISSR em popula??es brasileiras de Zabrotes subfasciatus
Souza, Giselle Anselmo de;Carvalho, Márcia Rodrigues de Oliveira;Martins, Ernane Ronie;Guedes, Raul Narciso Carvalho;Oliveira, Luiz Orlando de;
Pesquisa Agropecuária Brasileira , 2008, DOI: 10.1590/S0100-204X2008000700008
Abstract: the objective of this work was to evaluate the genetic diversity of populations of zabrotes subfasciatus through issr molecular markers. twelve populations from eight brazilian states were sampled in the total of 269 individuals. five issr primers were used and a total of 51 polymorphic bands were obtained. the percentage of polymorphism within population averaged 83.8%. nei's unbiased expected heterozygosity ranged from 0.23 to 0.33, with an average of 0.29, and the shannon & weaver's index of gene diversity varied from 0.29 to 0.48, with an average of 0.42. at species level, these two indexes were 0.36 and 0.54, respectively. the analysis of molecular variance showed that 66% of the total molecular variance can be attributed to differences within population, while 34% was apportioned among populations. mantel's test showed a low correlation between: geographic distance and genetic differentiation, genetic identity and genetic differentiation, and nei's genetic distance and genetic differentiation. the genetic differentiation in brazilian populations of z. subfasciatus is low and geographic structuring is weak.
Divergência genética entre popula es de cebola com base em marcadores morfológicos  [cached]
Barbieri Rosa Lía,Leite Daniela Lopes,Choer Eva,Sinigaglia Cledimara
Ciência Rural , 2005,
Abstract: Bulbos de 16 acessos do Banco Ativo de Germoplasma de Cebola (Allium cepa) da Embrapa Clima Temperado foram avaliados quanto a peso, diametro, altura, colora o das túnicas externas, formato, uniformidade e conserva o pós-colheita nas condi es ambientais de Pelotas - RS, com o objetivo de estimar a divergência genética entre popula es de cebola. Os dados obtidos foram submetidos a análises de agrupamento e de componentes principais. Foi evidenciada a presen a de variabilidade genética para os caracteres considerados. Os acessos foram divididos em três grupos: o primeiro reuniu 13 acessos incluindo todas as variedades locais e as variedades comerciais com bulbos de colora o marrom; o segundo formado por uma variedade local de bulbos roxos; e o terceiro grupo reunindo as duas variedades comerciais de bulbos brancos. Os caracteres que mais contribuíram para a divergência entre os acessos foram a cor, o peso e a conserva o pós-colheita.
Estimativa da diversidade genética de germoplasma de cebola via descritores morfológicos, agron?micos e bioquímicos
Buzar, Anne Giselle R;Oliveira, Valter R;Boiteux, Leonardo S;
Horticultura Brasileira , 2007, DOI: 10.1590/S0102-05362007000400007
Abstract: the genetic diversity of 64 tropical and subtropical onion accessions (allium cepa l.) belonging to the embrapa hortali?as collection was estimated using 23 morphological, agronomic, and biochemical descriptors. methods of multivariate statistical analysis (mahalanobis' d2 distances, tocher's cluster analysis and nearest-neighbor method) were employed in order to obtain the average genetic distances among accessions and to perform the clustering. the onion germplasm displayed a relatively large genetic base. cultivars ex 3000 and régia were the two most similar accessions. the highest mean genetic distance was observed between cultivars val 14 and beta cristal. the tocher's optimization method revealed the formation of 13 groups, whereas the nearest-neighbor method revealed the formation of 12 groups (cutting point of 43% of dissimilarity. the majority of the accessions belonging to grano and granex cultivars (agronomically classified as short-day and early-maturing types) clustered together in the same group. the white bulb accessions for processing (beta cristal; dehydrator # 8; dehydrator # 6; primero and white creole), with the exception of tampico white, displayed a small genetic divergence. the accessions tx 24, baia periforme super precoce, ex 3001, excel, red creole, h 688, franciscana ipa 10 and roxa ipa 3 displayed a large genetic divergence. the descriptors total sugar content, bulb length, number of days from planting to harvesting (i.e. plant cycle), percentage of bulbs with transversal diameter between 70 and 90 mm, and average bulb weight were responsible for 58% of the genetic variability present among accessions. studies of divergence among accessions are important to choose divergent parentals but complementary genetic materials would allow the development of useful segregating populations with wide genetic basis for tropical onion breeding programs.
Diversidade genética entre genótipos comerciais de maracujazeiro-amarelo (Passiflora edulis f. flavicarpa) e entre espécies de passifloras nativas determinada por marcadores rapd  [cached]
Viana Alexandre Pio,Pereira Telma Nair Santana,Pereira Messias Gonzaga,Souza Margarete Magalh?es de
Revista Brasileira de Fruticultura , 2003,
Abstract: A diversidade genética entre genótipos de maracujazeiro amarelo foi avaliada por meio de marcadores genéticos de DNA tipo RAPD. Para tanto, materiais genéticos foram coletados em popula es comerciais em regi es tradicionais de fruticultura da Regi o Norte Fluminense (Itaperuna, S o Francisco do Itabapoana, Campos dos Goytacazes). Foi também estimada a diversidade entre a espécie cultivada (Passiflora edulis f. flavicarpa Deg.) e espécies relacionadas no gênero, P. alata, P. giberti, P. cincinnata, P. foetida, P. edulis. P. maliformes, P. mucronata, P. suberosa, P. malacophylla. Para o estudo dos acessos de maracujá amarelo n o foi verificada expressiva diversidade genética; as popula es se distribuíram conforme sua origem, sendo que os indivíduos coletados em S o Francisco do Itabapoana apresentaram uma maior consistência no seu agrupamento. Para o estudo interespecífico, verificou-se que P. maliformis ficou em um grupo distinto, assim como P. giberti, mas próximo a P. mucronata. Para a espécie P. alata foi também verificada a sua aloca o em um grupo distinto. Para as espécies P. cincinnata e P. edulis (Maracujá roxo), ambas ficaram alocadas em mesmo grupo, evidenciando uma proximidade entre as mesmas. As espécies P. foetida e P. suberosa formaram um grupo único.
Análise da diversidade genética entre acessos de banco ativo de germoplasma de algod o
Carvalho Luiz Paulo de,Lanza Marcelo Abreu,Fallieri Joel,Santos José Wellingthon dos
Pesquisa Agropecuária Brasileira , 2003,
Abstract: O conhecimento da diversidade genética entre um grupo de genitores é importante no melhoramento, sobretudo na identifica o de combina es híbridas de maior heterozigose e maior efeito heterótico e, portanto, na recupera o de genótipos superiores nas gera es segregantes. Os métodos preditivos de diversidade têm sido muito utilizados porque dispensam a obten o de combina es híbridas entre os genitores e normalmente usam uma medida de similaridade para avaliar a diversidade entre eles. Foram avaliados 221 acessos do banco ativo de germoplasma de algod o da Epamig, por meio da distancia euclidiana média e posterior agrupamento dos indivíduos, de modo a permitir escolhas mais apropriadas de genitores para cruzamentos. Para isso foram consideradas 11 características morfológicas e de fibra. Foi detectada grande diversidade genética entre os 221 acessos reunidos em dez grupos distintos. A maior distancia euclidiana (4,36) ocorreu entre os acessos S 8186 e T-295-1-1 e a menor (0,25) entre os acessos TX CACES 1-81 e TX CDPS 177.
Caracteriza o e diversidade genética de isolados de Phytophthora spp. do cacaueiro com base em marcadores RAPD  [cached]
Faleiro Fábio G.,Luz Edna D. M. N.,Cerqueira Admildes O.,Rocha Cenilda S. S.
Fitopatologia Brasileira , 2004,
Abstract: Objetivou-se neste trabalho estudar a diversidade genética entre isolados das três principais espécies do gênero Phytophthora causadoras da podrid o-parda do cacaueiro (Theobroma cacao) no Brasil, utilizando marcadores moleculares RAPD. Foram utilizados 22 isolados de Phytophthora spp., sendo oito de P. capsici, cinco de P. palmivora e nove de P. citrophthora. DNA gen mico de cada isolado foi extraído e amplificado utilizando-se sete "primers" decameros, os quais geraram 191 marcadores RAPD. Distancias genéticas e análises de agrupamento realizadas com base nestes marcadores permitiram uma diferencia o clara dos isolados de cada espécie e mostraram diferentes níveis de diversidade intra-específica. Ficou evidente o potencial dos marcadores RAPD como uma ferramenta auxiliar na classifica o dos isolados e, também, em estudos de diversidade genética intra-específica.
Caracteriza o da diversidade genética em feij o por meio de marcadores RAPD
Franco Marília Caixeta,Cassini Sérvio Túlio Alves,Oliveira Valter Rodrigues,Tsai Siu Mui
Pesquisa Agropecuária Brasileira , 2001,
Abstract: Marcadores RAPD (Random Amplified Polymorphic DNA) foram usados para avaliar a diversidade genética entre 19 cultivares de feij o (Phaseolus vulgaris L.). Dos cento e oito locos de RAPD obtidos de 15 primers decameros, 70 foram polimórficos. Para estimar a distancia genética foi usado o coeficiente de similaridade de Jaccard e as análises de agrupamento foram feitas pelos métodos UPGMA e Tocher. As análises de agrupamento confirmaram a ampla diversidade genética existente entre germoplasmas tropicais de feij o, separando as cultivares em dois grupos principais, correspondendo aos centros de domestica o Andino (genótipos de sementes médias e grandes) e Mesoamericano (genótipos de sementes pequenas). No grupo Andino, a diversidade genética relativa foi maior do que no Mesoamericano.
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