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Métodos estadísticos multivariados en biología Molecular y su aplicación en investigación agrícola  [cached]
Martínez Wilches Orlando
Agronomía Colombiana , 1995,
Abstract: Los métodos estadísticos como elementos de apoyo en la investigación agrícola son fundamentales, puesto que cuantifican y cualifican objetivamente los resultados de la investigación. Estos métodos y procedimientos estadísticos, varían según la naturaleza y estructura del resultado experimental. Así, si las ciencias biológicas básicas proponen e innovan procedimientos y técnicas que describan la variabilidad de poblaciones agronómicas, entonces es necesario proveer de herramientas estadísticas a las nuevas propuestas experimentales. En el caso de la agronomía, la biología molecular y las disciplinas afines han presentado recientemente los métodos de isoenzimas, RFLPS y RAPDS para determinar la variabilidad, composición y estructura genética de individuos. Poblaciones naturales y experimentales. Como técnicas estadísticas para experimentos agronómicos que usan isoenzimas. RFLPS y RAPDS como marcadores genéticos se analiza y discute el uso de las distancias genéticas, índices de Similitud dendogramas y escalas multidimensionales.
Evaluación de la diversidad genética del género Capsicum sp. presente en los Departamentos de Vaupés, Guainía y Putumayo por medio de Isoenzimas
Quintero Barrera Lorena,Andrade Pérez Luis Eugenio
Acta Biológica Colombiana , 2000,
Abstract: El género Capsicumcomprende 25 especies de las cuales cinco han sido domesticadas y dadoorigen a numerosos cultivares. Sin embargo, la alta selección a la que está siendo sometido elgénero podría llevarla a su erosión genética, por ello se requiere la introducción de nuevogermoplasma que suministre una fuente de diversidad genética, para el mejoramiento de loscultivares comerciales. Dicha fuente se debe encontrar en aquellas zonas donde las especiessilvestres, cercanas y/o relacionadas se distribuyen, ya que estas áreas funcionan como reser-vorio de genes y es allí donde se encuentran variedades con acervos genéticos amplios; fuentesgenéticas para resistencia a enfermedades, alta productividad y calidad nutricional. Teniendoen cuenta lo anterior la región amazónica colombiana tiene un valor potencial en la exploraciónde germoplasma importante para el género Capsicum, por ser considerada como el lugar deorigen del complejo silvestre annuum-chinense-frutescens. Así mismo se requiere de unaevaluación urgente de la diversidad genética de la región amazónica, antes de que se agotela disponibilidad de material vivo debido al proceso de deforestación. Con el propósito devalorar la diversidad genética presente del género Capsicum, en la Amazonía colombiana seutilizó la técnica de electroforésis de isoenzimas para los materiales de Ají colectados enhuertos y chagras indígenas de los departamentos de Vaupés, Guainía y Putumayo. Para laevaluación se utilizaron cinco isoenzimas polimórficas: alfabetaEST (alfabeta esterasa), GOT(glutamato oxaloacetato transaminasa), PRX (peroxidasa), 6PGDH (6-fosfoglucona-todehidrogenasa) y ME (enzima málica). Con los resultados de presencia-ausencia de bandasse construyeron fenogramas con el índice de similaridad de Dice o Nei (1945) por mediodel programa estadístico NTSYS (Numerical Taxonomy and Multivariate Analisys System). Deacuerdo a los resultados se pudo establecer la alta variabilidad entre las accesiones estudiadas,y se logró determinar la existencia de materiales importantes para programas futuros demejoramiento genético del género Capsicum.
Diversidad genética en lotus corniculatus determinada por caracteres morfológicos y rapds  [cached]
Gabino Garcu00EDa de los Santos,Jeffrey J. Steiner
Revista fitotecnia mexicana , 2003,
Abstract: El trébol pata de pájaro (Lotus corniculatus L.) es una leguminosa perenne con amplia distribución en las regiones templadas de Europa, Asia Menor, Norte de áfrica y Norte de Sudamérica, y forma parte de las más de 100 especies que componen el complejo género Lotus. Su calidad nutritiva es comparable a la de la alfalfa (Medicago sativa L.) y el trébol blanco (Trifolium repens L.), y su consumo en fresco no produce timpanismo en el ganado; además es resistente a sequía y a salinidad. El conocimiento de los patrones de variación existentes en esta especie es importante para un mejor aprovechamiento de las colecciones en los bancos de germoplasma. En esta investigación se hizo la caracterización y comparación por morfología y por análisis de polimorfismos aleatorios amplificados de ADN (RAPDs) de 28 colectas de Lotus corniculatus L., y la determinación de las relaciones filogenéticas entre las clasificaciones morfológicas, ecológicas, por RAPDs, y por distancias geográficas de los sitios de colecta. Los genotipos se clasificaron en cinco grupos formados por 18 caracteres morfológicos y en cuatro grupos obtenidos con 130 bandas polimórficas RAPDs. La similitud morfológica entre los genotipos se relacionó con las distancias geográficas de los sitios de colecta, y con las características ecológicas de los sitios de origen de las colectas. La similitud entre las clasificaciones genéticas y ecológicas sugiere que los genotipos adaptados a hábitats similares, aunque geográficamente distantes, han adquirido fenotipos similares. Por ello se recomienda que las clasificaciones de L. corniculatus se hagan con base en características ecogeográficas y morfológicas.
Patrones de faseolinas y análisis RAPD en especies domesticadas de phaseolus  [cached]
Juan Porfirio Legaria Solano
Revista fitotecnia mexicana , 2005,
Abstract: En este estudio se comparó la eficiencia de dos marcadores, uno bioquímico (proteínas faseolinas) y otro genético (RAPD, polimorfismos en el ADN amplificados al azar) para evaluar la diversidad genética y establecer relaciones filogenéticas entre P. vulgaris, P. lunatus y P. coccineus. El análisis de los patrones de faseolinas permitió detectar polimorfismo entre las especies evaluadas, pero no entre variedades de frijol o individuos de una variedad. Las especies más relacionadas, con base en el patrón de faseolinas, son P. coccineus y P. vulgaris, en comparación con P. lunatus. Los RAPD resultaron adecuados para la detección de polimorfismo entre variedades de P. vulgaris y entre individuos de P. coccineus. El polimorfismo entre cinco individuos de una variedad de P. coccineus fue de 24 %, y entre las ocho variedades de P. vulgaris fue de 27 %. Los RAPD también permitieron establecer relaciones entre individuos derivados de semillas con color diferente de testa en P. coccineus. Los frijoles negros fueron similares a los cafés y los pintos a los blancos, los morados fueron diferentes a los demás. Para P. vulgaris, un subgrupo se constituyó por frijoles tipo Ojo de Cabra , Negro Americano , Pinto , Bayo , Garbancillo , Negro Bola y Peruano , mientras que Flor de Mayo formó un subgrupo aparte. Los resultados concuerdan con la clasificación en razas de los frijoles de México establecida por otros autores. Según esta clasificación y las relaciones genéticas entre cultivares de frijol determinadas en el presente trabajo, Negro Bola , Negro Americano y Peruano , son variedades que están relacionadas con variedades de la raza Durango ( Ojo de Cabra , Pinto , Bayo y Garbancillo ), mientras que Flor de Mayo pertenece a la raza Jalisco.
Aproximación a una caracterización molecular de Fasciola hepatica por la técnica RAPDs - PCR MOLECULAR CHARACTERIZATION APPROACH OF Fasciola hepatica BY TECHNIQUE RAPDs-PCR  [cached]
DANILO VARGAS,MARCIA VEGA,CARMEN GLORIA GONZáLEZ
Parasitología latinoamericana , 2003,
Abstract: El presente estudio muestra la caracterización molecular de Fasciola hepatica obtenidas de bovino, equino y ovino, utilizando la técnica de Amplificación al Azar de Fragmentos de ADN Polimórficos (RAPDs-PCR). Para este fin, se lograron estandarizar las condiciones óptimas de amplificación y programa de termociclación de RAPDs-PCR para F. hepatica, así como marcadores genéticos de identificación poli-mórfica características para cada especie. La metodología utilizada consideró comparar los patrones genéticos interespecie e intraespecie, a partir de muestras de F. hepatica. Los resultados obtenidos muestran marcadores genéticos al azar, que evidencian variabilidad genética de F. hepatica intra e interespecie (polimorfismo), y cuyos fragmentos de amplificación fluctuaron entre los 135 y 741 pares de bases (pb) The present study show the molecular characterization of Fasciola hepatica taken from cows, horses and sheeps, using the Random Amplified Polymorphic ADN Fragments (RAPDs-PCR) technique. The standardization of the optimal conditions of amplification and thermocyclation for F. hepatica by RAPDs-PCR were made, as the genetic markers for polymorphic identification of the parasites collected from different animals specie.The methodology used compared the genetic pattern between species and inside each specie. The results shows random genetic markers, given genetic variations of F. hepatica between species and inside each specie (polymorphism), and the amplifications fragments were between 135 and 741 pair of bases (bp)
Análisis de la variación genética en clones de caucho (Hevea brasiliensis) de Asia, Suramérica y Centroamérica usando marcadores RAPD Analysis of genetic variation in clones of rubber (Hevea brasiliensis) from Asían, South and Central American origin using RAPDs markers
Hernández R César Augusto,Afanador Kafuri Lucía,Arango Isaza Rafael,Lobo Arias Mario
Revista Colombiana de Biotecnología , 2006,
Abstract: El caucho natural (Hevea brasiliensis) representa a especies potenciales para reforestación y programas de explo-tación comercial en ciudades tropicales como Colombia. La variabilidad genética de una colección de caucho que se encuentra en la Estación experimental de Paraguaycito en Buenavista, departamento del Quindio en Colom-bia fue estudiada para aumentar el conocimiento en cuanto a las especies y realizar un mejor uso de los árboles disponibles. Un total de 25 clones, seis de Sur América, 17 de Asia y 2 de América Central fueron seleccionados y analizados usando RAPDs. Las muestras aisladas de ADN de los árboles fueron con 102 primers, 23 de los cuales mostraron polimorfismos. Aunque se encontró un alto grado de similaridad, los análisis grupales de datos llevaron a diferenciar los árboles de de caucho en términos de su origen geográfico. Por lo tanto, las relaciones genéticas que se encontraron entre los clones podrían ayudar a seleccionar parentales para uso en programas de reproducción y dise o de estrategias para la conservación de los clones que tengan características agronómicas deseables. Palabras clave: identificación de cultivos, distancia genética, diversidad genética, Hevea brasiliensis, marcadores RAPD. Rubber (Hevea brasiliensis) represents a potential species for reforestation and commercial exploitation programmes in tropical countries such as Colombia. The genetic variability of a rubber collection kept at the Paraguaicito Experimental Station in Buenavista in the Quindio department of Colombia was studied to improve knowledge regarding this species and make better use of the trees available. A total of 25 clones, six from South-America, 17 from Asia and two from Central-América were selected and analysed using RAPDs. DNA samples isolated from the trees were screened with 102 primers, 23 of which revealed polymorphism. Although a high degree of similarity was found, clustering analysis of the data led to differentiating the rubber trees in terms of their geographical origin. Furthermore, genetic relationships were found amongst the clones which could help in selecting parents for use in breeding programmes and designing strategies for conserving clones having desirable agronomic traits. Key words: cultivar identification, genetic distance, genetic diversity, Hevea brasiliensis, RAPD marker
Diversidad genética de aislamientos de Phytophthora infestans en plantaciones de papa en Costa Rica con el uso de RAPDs  [cached]
Oswaldo Páez,Roberto Valverde,Luis Gómez,Arturo Brenes
Agronomía Costarricense , 2005,
Abstract: Para determinar la diversidad genética de Phytophthora infestans en Costa Rica, 62 aislamientos de este patógeno fueron recolectados en plantaciones de papa en las zonas de Cartago, Zarcero, Fraijanes y Heredia durante 1999-2001 y analizados con el uso de RAPDs. Todos los aislamientos fueron previamente evaluados para el tipo de apareamiento y la resistencia al metalaxyl. Se seleccionó 11 imprimadores con los cuales fue posible formar 17 grupos RAPD cuyas frecuencias variaron de 0,55 a 0,02. En el grupo más frecuente se encontró aislamientos resistentes y sensibles provenientes de todas las zonas muestreadas. Todos los aislamientos en los 17 grupos mostraron una alta relación genética. La mayor diversidad genética se encontró entre aislamientos y no se observó ninguna sub-estructuración poblacional de acuerdo a las zonas o sensibilidad al metalaxyl. Al comparar los aislamientos costarricenses con los aislamientos foráneos US-1, US-18 y EC-1, no se observó ninguna relación genética entre ambas poblaciones; de hecho, el coeficiente de diferenciación genética Gst mostró que la población local es diferente a la de los aislamientos foráneos. El análisis con los RAPDs reveló que la población de P. infestans, en las plantaciones de papa en Costa Rica, es diversa aunque probablemente los aislamientos comparten un ancestro en común.
Psorophora columbiae: Estructura genética analizada mediante perfiles isoenzimáticos y secuencias SSCP e inexistencia de otras especies  [cached]
Bello F.,Ruiz-García M.
Acta Biológica Colombiana , 2001,
Abstract: El análisis de tres poblaciones de mosquitos del género Psorophorafueron analizadas para losloci isoenzimáticos MDH, PGM, IDH, LAP, a-GDH, ME, HK, PGI, MPI, 6PGD y AAT y para lassecuencias obtenidas con los cebadores CP-P1A/CP-P1B con la técnica SSCP. Dos de las po-blaciones analizadas corresponden a áreas de la distribución central de la especie en Colombia(Tolima y Meta), mientras que la otra población se halla enclavada en el norte de Colombia,concretamente en el Departamento de Córdoba. Originalmente esas poblaciones se clasifica-ron como pertenecientes a Psorophora confinnis.
Caracterización por isoenzimas de accesiones de Capsicum pertenecientes a la colección amazónica Colombiana Isozyme characterization of Capsicum accessions from the Amazonian Colombian collection
Quintero Barrera Lorena,García Marisol Cudris,Giraldo Martha Cecilia,Melgarejo Luz Marina
Revista Colombiana de Biotecnología , 2005,
Abstract: Doscientas sesenta y una accesiones del género Capsicum del banco de germoplasma del Instituto Amazónico de Investigaciones Científicas (Sinchi) se evaluaron a través de cinco sistemas enzimáticos polimórficos: esterasa (EST), peroxidasa (PRX), 6-fosfogluconato deshidrogenasa (6-PGDH), aspartato amino transferasa (GOT) y enzima málica (ME). Se utilizó un análisis de agrupamiento (Upgma) con el fin de determinar la variabilidad genética. Se observó un agrupamiento de las especies C. baccatum y C. pubescens, mientras que las especies C. annuum, C. chinense y C. frutescens no mostraron un agrupamiento independiente, lo cual ya ha sido reportado en estudios por isoenzimas para el género. Varias accesiones mostraron características particulares para estudios ecológicos y evolutivos. Palabras clave: Colombia, Capsicum, banco de germoplasma, isoenzimas, ají. Two hundred and sixty-one accessions of the genus Capsicum were obtained from the Colombian Amazonian germplasm bank at Amazonian Institute of Scientific Research (Sinchi) and were evaluated with five polymorphic enzymatic systems, including esterase (EST), peroxidase (PRX), 6-phosphogluconate dehydrogenase (6-PGDH), aspartate amino transferase (GOT), and malic enzyme (ME). Using a cluster analysis (UPGMA) the genetic variability of these accessions were characterized. Grouping of the species C. baccatum and C. pubescens were observed, while the species C. annuum, C. chinense and C. frutescens did not group independently, a result that has been previously reported in isoenzyme analyses of this genus. Several accessions were deemed of particular interest for future ecological and evolutive studies. Key words: Colombia, Capsicum, germplasm bank, isoenzymes, peppers.
UTILIZACION DE ISOENZIMAS DE EXTRACTOS DE HOJAS EN LA CARACTERIZACION DE CULTIVARES DE DURAZNERO (Prunus persica (L) Batsch)  [cached]
ALTUBE HECTOR ABEL,URQUIZA MONICA ONTIVERO,RIVATA RAQUEL SUSANA,TABORDA RICARDO JORGE
Revista Brasileira de Fruticultura , 2001,
Abstract: La caracterización de cultivares de duraznero (Prunus persica (L) Batsch) se hace por medio de la descripción de caracteres agronómicos y morfológicos codificados por organizaciones internacionales, los cuales están fuertemente influenciados por el ambiente. Se han buscado métodos alternativos de caracterización y las isoenzimas han sido utilizadas por su independencia de las condiciones del ambiente, además de identificar individuos en etapas tempranas de su desarrollo. El objetivo del presente estudio es caracterizar cultivares de duraznero mediante el análisis isoenzimático de catecol oxidasas, fosfatasas ácidas, esterazas y peroxidazos en extractos de hojas. Los cultivares de duraznero analizados presentaron bajo polimorfismo isoenzimático, las esterazas caracterizaron diez cultivares, las catecol oxidasas un cultivar agrupándose el resto en cinco modelos, las fosfatasas ácidas caracterizaron dos cultivares agrupándose los otros en siete modelos y las peroxidazos formaron tres grupos. Ello puede explicarse ya que el duraznero es una especie autofértil y presenta una base genética muy reducida. Los evidentes límites discriminatorios de este tipo de análisis hacen que su aporte sea sólo complementario a los métodos de los caracteres agronómicos y morfológicos.
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