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菌物学报  2013 

SNP analysis of the fragments of three functional genes of the mushroom Lentinula edodes
香菇三个功能基因部分序列的单核苷酸多态性分析

Keywords: single nucleotide polymorphisms,exon,missense mutation,cultivar discrimination
单核苷酸多态性,外显子,错义突变,品种鉴别

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Abstract:

以15个香菇栽培品种为材料,对尿嘧啶核苷酸-胞嘧啶核苷酸激酶基因(UMP-CMP kinase gene,uck1)、分裂原活化蛋白激酶基因(mitogen-activated protein kinase gene,mapk)和外切β-1,3葡聚糖酶基因(exo-β-1,3-glucanase-encoding gene,exg1)进行了部分序列的单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)分析。结果表明,测序中出现的双峰,是菌丝双核体细胞中两细胞核之间的差异造成的。在采用uck1、mapk和exg1的3,126bp中,共发现48处多态性位点,发生频率为1/65bp,其中36个属于转换、12个为颠换。从群体发生频率上,38个属于超过10%的常见SNP,10个属于罕见SNP。不同基因的SNP发生频率不同,uck1、mapk和exg1的SNP发生频率分别为1.40%、0.82%和2.41%。外显子区SNP数量高于内含子,3个基因在外显子区域分布28个,内含子分布20个。外显子的28个SNP位点中,11个为错义突变,17个为同义突变。错义突变引起了编码氨基酸的改变。对SNP位点的聚类分析表明,15个栽培品种间存在的多态性位点在1–36之间,15个品种的SNP类型不同。uck1,mapk,exg1的SNP可用于香菇栽培品种的鉴别。

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